Về thẩm quyền giải quyết khiếu nại quyết định hành chính, hành vi hành chính, Thông tư nêu rõ, trưởng Công an xã, phường, thị trấn, đồn Công an (gọi chung là Trưởng Công an cấp xã) giải quyết khiếu nại lần đầu đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của mình và của cán bộ, chiến sĩ Công an do mình quản lý trực tiếp.
Trưởng Công an huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố thuộc thành phố trực thuộc Trung ương (gọi chung là Trưởng Công an cấp huyện) giải quyết khiếu nại lần đầu đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của mình và của cán bộ, chiến sĩ Công an do mình quản lý trực tiếp, trừ khiếu nại thuộc thẩm quyền giải quyết quy định tại Khoản 1 Điều này.
Khiếu nại lần hai đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính mà Trưởng Công an cấp xã đã giải quyết lần đầu nhưng còn khiếu nại hoặc khiếu nại lần đầu đã hết thời hạn theo quy định nhưng chưa được giải quyết.
Trưởng phòng và thủ trưởng đơn vị tương đương cấp phòng thuộc Công an các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; Giám thị trại giam, Giám đốc cơ sở giáo dục bắt buộc, Hiệu trưởng trường giáo dưỡng giải quyết khiếu nại đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của mình và của cán bộ, chiến sĩ Công an do mình quản lý trực tiếp.
Cục trưởng, thủ trưởng đơn vị tương đương cấp cục thuộc cơ quan Bộ Công an; Giám đốc Công an các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương giải quyết khiếu nại lần đầu đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của mình và của cán bộ, chiến sĩ Công an do mình quản lý trực tiếp, trừ khiếu nại thuộc thẩm quyền giải quyết quy định tại Khoản 2 và Khoản 3 Điều này.
Khiếu nại lần hai đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính mà thủ trưởng cơ quan, đơn vị thuộc quyền quản lý trực tiếp đã giải quyết lần đầu nhưng còn khiếu nại hoặc khiếu nại lần đầu đã hết thời hạn nhưng chưa được giải quyết.
Bộ trưởng Bộ Công an giải quyết khiếu nại lần đầu đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của mình và của cán bộ, chiến sĩ Công an do mình quản lý trực tiếp, trừ khiếu nại thuộc thẩm quyền giải quyết quy định tại Khoản 4 Điều này.
Khiếu nại lần hai đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính mà Cục trưởng, thủ trưởng đơn vị tương đương cấp cục thuộc cơ quan Bộ Công an; Giám đốc Công an các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương đã giải quyết lần đầu nhưng còn khiếu nại hoặc khiếu nại lần đầu đã hết thời hạn theo quy định nhưng chưa được giải quyết.
Khiếu nại lần hai đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính có nội dung thuộc thẩm quyền quản lý nhà nước của Bộ Công an mà Chủ tịch UBND cấp tỉnh đã giải quyết lần đầu nhưng còn khiếu nại hoặc khiếu nại lần đầu đã hết thời hạn nhưng chưa được giải quyết.
Cùng với thẩm quyền, Thông tư cũng quy định về trình tự, thủ tục giải quyết khiếu nại, gồm: Thụ lý giải quyết khiếu nại; kiểm tra lại quyết định hành chính, hành vi hành chính, quyết định kỷ luật bị khiếu nại; giao nhiệm vụ xác minh nội dung khiếu nại, quyết định xác minh nội dung khiếu nại; lập kế hoạch xác minh nội dung khiếu nại; gửi, công bố Quyết định xác minh nội dung khiếu nại.
Làm việc trực tiếp với người khiếu nại, người đại diện, người được ủy quyền, luật sư, trợ giúp viên pháp lý của người khiếu nại; tiếp nhận, xử lý thông tin, tài liệu, bằng chứng và xác minh thực tế; làm việc với các bên có liên quan trong quá trình xác minh nội dung khiếu nại; trưng cầu giám định; gia hạn giải quyết khiếu nại; tạm đình chỉ việc thi hành quyết định hành chính bị khiếu nại.
Đình chỉ việc giải quyết khiếu nại; xây dựng dự thảo báo cáo kết quả xác minh nội dung khiếu nại; tổ chức đối thoại; tham khảo ý kiến tư vấn; kiểm tra, xem xét lại quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu của Bộ trưởng.
Ngoài ra, Thông tư còn quy định về việc ban hành, gửi quyết định giải quyết khiếu nại; công khai quyết định giải quyết khiếu nại; lập, quản lý hồ sơ giải quyết khiếu nại; đồng thời nêu rõ, khi các văn bản quy phạm pháp luật được dẫn chiếu trong Thông tư này sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế bằng văn bản mới thì thực hiện theo quy định mới ban hành.