Trong quá trình giải quyết các vụ án hình sự nói chung, các vụ án xâm hại tình dục trẻ dưới 16 tuổi nói riêng, hoạt động đánh giá chứng cứ của Kiểm sát viên thường gặp phải rất nhiều khó khăn do đây là hoạt động phân tích nhằm xác định giá trị chứng minh của những chứng cứ đã thu thập được. Việc phối hợp với cơ quan điều tra để thu thập, đánh giá và phân tích các chứng cứ gỡ tội cũng như chứng cứ buộc tội luôn đòi hỏi người Kiểm sát viên phải tỉnh táo, bản lĩnh và có tinh thần trách nhiệm cao.