Theo hồ sơ vụ án, từ khoảng tháng 3/2013, Huỳnh Ngọc Tân quen biết và chung sống như vợ chồng nhưng không đăng ký kết hôn với chị L.T.N.H.
Giữa Tân và chị H. có một người con chung. Ngoài ra, Chị H còn có hai người con riêng là em N. (bị hạn chế nhận thức, sinh ngày 27/4/2000) và em T. (sinh ngày 23/5/2003).
Trong thời gian sống chung, biết cháu N. bị chậm phát triển về trí tuệ nên Tân đã nhiều lần xâm hại đối với hai chị em N và T...
Khoảng tháng 4/2017, khi em N. đã đủ 16 tuổi thì chị H. phát hiện con mang thai và cuối năm đó em N. sinh một bé gái. Kết luận giám định pháp y sau này thể hiện cháu bé mà em N. sinh ra là con ruột của Tân.
Trong quá trình sống chung, Tân cũng thường xuyên có hành vi đánh đập N. và T. vì nhiều lí do khác nhau. Do đó, những lần quan hệ tình dục với hai cháu, Tân đều dọa nạt, dùng vũ lực khiến hai chị em N. và T. đều không dám chống cự và không kể sự việc cho mẹ biết.
Chỉ khi Tân bị bắt vì tội tàng trữ trái phép chất ma túy thì ngày 9/9/2018, chị H. mới dám tố cáo hành vi đồi bại của Tân.
Cuối năm 2019, Huỳnh Ngọc Tân bị truy tố với hai tội giao cấu với người từ đủ 13 tuổi đến dưới 16 tuổi và dâm ô đối với người dưới 16 tuổi.
Sau đó, chị H. (mẹ của hai em gái) đã gửi đơn kiến nghị đến Đoàn đại biểu Quốc hội (ĐBQH) TP Đà Nẵng vì cho rằng Tân phải bị xử thêm tội hiếp dâm người dưới 16 tuổi thì mới đúng người, đúng tội.
Sau khi nghiên cứu nội dung đơn, Đoàn ĐBQH TP đã chuyển cho TAND quận Liên Chiểu xem xét, giải quyết và trả lời công dân. Đồng thời đề nghị Thường trực HĐND quận Liên Chiểu tiến hành giám sát, giải quyết theo thẩm quyền.
Ngày 28/2, TAND cùng cấp mở phiên xử nhưng phải hoãn do VKSND quận Liên Chiểu có công văn đề nghị hoãn phiên tòa, trả hồ sơ để điều tra bổ sung. Ngày 11/3, VKSND quận Liên Chiểu có quyết định trả hồ sơ vụ án điều tra bổ sung cho cơ quan điều tra. Lý do là trong quá trình VKS tiến hành phúc cung, thẩm tra lại chứng cứ, Tân thay đổi lời khai về các tình tiết của vụ án nên đã làm thay đổi cơ bản kết luận điều tra của cơ quan điều tra.
Sau đó, Cơ quan CSĐT Công an quận Liên Chiểu đã quyết định khởi tố Tân thêm tội hiếp dâm người dưới 16 tuổi. Ngày 25/3, VKSND quận có quyết định chuyển hồ sơ vụ án và bị can Tân lên Cơ quan CSĐT Công an TP Đà Nẵng điều tra theo thẩm quyền. Ngày 10/4, Cơ quan CSĐT đã hoàn tất điều tra và chuyển hồ sơ vụ án đến VKSND cùng cấp, trong đó đề nghị truy tố Tân với các tội danh: “Hiếp dâm” được quy định theo điểm d,g khoản 2 Điều 141 BLHS; tội “Hiếp dâm người dưới 16 tuổi” theo điểm đ,e khoản 2 Điều 142 BLHS và tội “Dâm ô đối với người dưới 16 tuổi” theo điểm b khoản 2 Điều 146 BLHS.