Theo Thanh tra Chính phủ, bên cạnh những kết quả đạt được, việc cấp phép nêu trên còn để xảy ra những tồn tại, thiếu sót, vi phạm.
Cụ thể, đối với Bộ Giao thông vận tải, chủ đầu tư dự án (đại diện là Ban Quản lý dự án Thăng Long) và nhà thầu thi công, công tác điều tra, khảo sát, đánh giá trữ lượng, chất lượng của các mỏ vật liệu phục vụ Dự án chưa đáp ứng yêu cầu thực tế xây dựng, tỉ lệ sai số lớn, số mỏ theo khảo sát là 37 nhưng thực tế thi công chỉ có 17 mỏ cung cấp được vật liệu cho dự án (tỉ lệ 46%), còn 20 mỏ không cung cấp được vật liệu. Nguyên nhân do không đáp ứng được tiêu chuẩn kỹ thuật, không còn trữ lượng, chưa được cấp phép, vướng mắc trong giải phóng mặt bằng...
Nhiều điểm mỏ tại tỉnh Thanh Hóa có công suất khai thác thấp không đáp ứng nguồn cung lớn trong thời gian ngắn...
Việc xây dựng giá đất đắp trong hồ sơ đấu thầu thực hiện theo quy định, nhưng còn thiếu thực tế, chưa chính xác, dẫn đến khi gặp biến động của thị trường, cước phí vận tải tăng cao, hoặc khi nguồn cung khan hiếm, giá đất đắp sẽ biến động tăng, trong khi nhà thầu thi công chỉ được thanh toán theo giá trúng thầu nên thi công cầm chừng, làm ảnh hưởng tiến độ.
Thanh tra Chính phủ nêu rõ: Đối chiếu khối lượng khoáng sản làm vật liệu xây dựng thông thường cung cấp cho dự án đường cao tốc (đoạn Mai Sơn-Quốc lộ 45), có sự khác biệt giữa báo cáo của chủ đầu tư dự án khai thác khoáng sản với báo cáo của Ban Quản lý dự án Thăng Long.
Ngoài ra, qua xem xét 19 hồ sơ cấp phép các dự án khai thác khoáng sản làm vật liệu xây dựng thông thường cung cấp cho Dự án đường cao tốc do các sở tài nguyên và môi trường các tỉnh Ninh Bình, Thanh Hóa cung cấp, bước đầu cho thấy còn có một số thiếu sót, vi phạm.
Trên cơ sở kết quả thanh tra, Tổng Thanh tra Chính phủ báo cáo, kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Giao thông vận tải chấn chỉnh, nâng cao chất lượng công tác điều tra, khảo sát các mỏ vật liệu xây dựng thông thường, ban hành quy định cụ thể áp dụng cho công tác khảo sát mỏ vật liệu xây dựng thông thường cho ngành giao thông vận tải nhằm bảo đảm chính xác về trữ lượng theo thời gian, tiến độ, tiêu chuẩn kỹ thuật trước khi phê duyệt dự án; phải có các phương án dự phòng để bảo đảm tính khả thi theo yêu cầu của dự án.
Xử lý nghiêm các ban quản lý dự án, đơn vị tư vấn chưa làm hết trách nhiệm, có vi phạm trong công tác điều tra, khảo sát nguồn cung vật liệu xây dựng cho các dự án giao thông trọng điểm quốc gia.
Bộ Giao thông vận tải phối hợp Bộ Tài nguyên và Môi trường làm rõ về một số bất cập trong công tác điều tra, khảo sát mỏ vật liệu xây dựng thông thường và quy trình cấp phép mỏ sử dụng cho công trình giao thông trọng điểm quốc gia; tham mưu, báo cáo cấp có thẩm quyền quyết định, làm cơ sở triển khai thực hiện.
Khi lập dự án, thực hiện đồng thời việc khảo sát, lựa chọn các mỏ khoáng sản có đủ kiện cấp phép để phê duyệt, nhằm đáp ứng kịp thời nhu cầu vật liệu ngay sau khi dự án khởi công. Khi xây dựng giá gói thầu, có vướng mắc về khối lượng cung cấp và đơn giá, kịp thời báo cáo Thủ tướng Chính phủ để có giải pháp tháo gỡ.
Đối với UBND các tỉnh nơi có dự án giao thông trọng điểm quốc gia, Thanh tra Chính phủ kiến nghị phải thực hiện nghiêm túc các nội dung của Nghị quyết số 60/NQ-CP ngày 16/6/2021, Nghị quyết số 133/NQ-CP ngày 19/10/2021 của Chính phủ và Văn bản số 1411/BTNMT-ĐCKS ngày 18/3/2022 của Bộ Tài nguyên và Môi trường liên quan việc cấp phép khai thác, nâng công suất, cung cấp vật liệu cho dự án giao thông trọng điểm quốc gia và xử lý khi có vi phạm theo quy định pháp luật.
Tăng cường thanh tra, kiểm tra việc cấp phép, hoạt động khai thác khoáng sản, không để xảy ra vi phạm; xử lý việc đầu cơ, nâng giá vật liệu bất thường (nếu có); các hành vi cản trở, vi phạm pháp luật liên quan hoạt động khai thác, vận chuyển vật liệu xây dựng phục vụ dự án giao thông trọng điểm quốc gia.
UBND các tỉnh Ninh Bình, Thanh Hóa kiểm tra, rà soát các điểm mỏ nâng công suất theo các Nghị quyết 60/NQ-CP, 133/NQ-CP của Chính phủ, xác định khối lượng thực tế đã khai thác để yêu cầu thực hiện nghĩa vụ tài chính liên quan theo đúng quy định của pháp luật, không để thất thoát ngân sách Nhà nước; kiểm tra việc kinh doanh tại các mỏ được nâng công suất và mỏ đất Đồi Ao, tỉnh Thanh Hóa, trường hợp vi phạm bán vật liệu xây dựng ra thị trường mà không cung cấp cho dự án đường cao tốc thì xử lý nghiêm theo Nghị quyết 60/NQ-CP của Chính phủ và quy định của pháp luật;
Thanh tra, kiểm tra, rà soát ngay các dự án khai thác khoáng sản nêu trên để làm rõ những thiếu sót, vi phạm trong việc cấp phép, trong hoạt động khai thác khoáng sản, chấp hành quy định pháp luật về quản lý đất đai, về thực hiện nghĩa vụ tài chính có liên quan…
Quá trình thực hiện nếu phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự thì chuyển cơ quan điều tra để xử lý theo quy định của pháp luật.