Trước đó, Ban Chỉ đạo của Chính phủ đã có Công văn số 03/CV-BCĐ và Công văn số 11/CV-BCĐ định hướng một số nhiệm vụ sắp xếp đơn vị hành chính và tổ chức chính quyền địa phương 2 cấp.
Tuy nhiên, trong quá trình triển khai vẫn còn cách hiểu khác nhau về việc giữ nguyên chế độ phụ cấp hiện hưởng đối với cán bộ, công chức, viên chức và người lao động hưởng lương từ ngân sách nhà nước chịu ảnh hưởng của việc sắp xếp đơn vị hành chính.
Để thống nhất trong tổ chức thực hiện, tiếp theo các Công văn số 03/CV-BCĐ và Công văn số 11/CV-BCĐ, Ban Chỉ đạo của Chính phủ bổ sung hướng dẫn về việc thực hiện chế độ phụ cấp và chế độ nâng bậc lương.
Theo Công văn, các chế độ phụ cấp lương hiện nay bao gồm: Phụ cấp chức vụ lãnh đạo; phụ cấp thâm niên vượt khung; phụ cấp kiêm nhiệm; phụ cấp khu vực; phụ cấp đặc biệt; phụ cấp thu hút; phụ cấp lưu động; phụ cấp độc hại, nguy hiểm; phụ cấp trách nhiệm công việc; phụ cấp phục vụ quốc phòng, an ninh; phụ cấp thâm niên nghề; phụ cấp trách nhiệm theo nghề; phụ cấp ưu đãi theo nghề; phụ cấp đặc thù áp dụng đối với lực lượng vũ trang; phụ cấp công tác lâu năm ở vùng có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; phụ cấp công vụ; phụ cấp công tác đảng, đoàn thể chính trị - xã hội; phụ cấp trách nhiệm công tác bảo vệ chính trị nội bộ; phụ cấp kiêm nhiệm chức danh cấp xã.
Việc giữ nguyên (bảo lưu hoặc tiếp tục hưởng) phụ cấp theo định hướng tại Công văn số 03/CV-BCĐ và Công văn số 11/CV-BCĐ được thực hiện đối với cán bộ, công chức, viên chức, người lao động hưởng lương từ ngân sách nhà nước chịu ảnh hưởng của việc sắp xếp đơn vị hành chính mà vẫn là cán bộ, công chức, viên chức, người lao động tại cơ quan, tổ chức trong hệ thống chính trị.
Theo đó, trước khi được bố trí sắp xếp, cán bộ, công chức, viên chức, người lao động đang hưởng phụ cấp nào trong số các phụ cấp lương như trên thì sau khi sắp xếp được tiếp tục hưởng phụ cấp đó.
Trường hợp cán bộ, công chức, viên chức, người lao động có thời gian làm việc còn lại dưới 6 tháng kể từ ngày có quyết định bố trí sắp xếp (do nghỉ hưu đúng tuổi, nghỉ hưu trước tuổi, nghỉ thôi việc...) thì tiếp tục hưởng phụ cấp cho đến khi hết thời gian làm việc còn lại.
Công văn cũng đưa ra một ví dụ, trước sắp xếp, công chức A thuộc Thanh tra cấp huyện đang được hưởng phụ cấp trách nhiệm theo nghề thanh tra mức 25% mức lương hiện hưởng cộng phụ cấp chức vụ lãnh đạo và phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có). Sau sắp xếp được bố trí đảm nhiệm vị trí việc làm là công chức cấp xã thì được giữ nguyên phụ cấp trách nhiệm theo nghề Thanh tra mức 25% nêu trên trong 6 tháng.
Ngoài việc giữ nguyên các phụ cấp hiện hưởng, cán bộ, công chức, viên chức, người lao động tiếp tục được thực hiện chế độ nâng bậc lương theo quy định của pháp luật hiện hành.