Cùng với việc đề cập đến những kết quả đạt được, Kết luận thanh tra đã chỉ rõ một số tồn tại, hạn chế về thực hiện pháp luật thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng.
Bên cạnh đó còn có những tồn tại, hạn chế trong công tác quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất, giao đất, cho thuê đất, đấu giá quyền sử dụng đất, chuyển mục đích sử dụng đất, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất; tồn tại trong việc giao đất lâm nghiệp, tình trạng lấn chiếm đất công, việc quản lý nhà nước về đất đai...
Đáng chú ý, theo Thông báo kết luận thanh tra, một số dự án được cấp có thẩm quyền phê duyệt chủ trương đầu tư hoặc đã được giao đất, cho thuê đất nhưng các nhà đầu tư chậm hoặc không triển khai thực hiện như: Dự án Khu du lịch nghỉ dưỡng cao cấp Cù Lao Mái Nhà của Công ty TNHH Xuân Thiện Ninh Bình; dự án Làng du lịch quốc tế ven biển thành phố Tuy Hoà của Công ty TNHH Bắc Âu Biệt thự và Resort; dự án Khu du lịch biển đảo cao cấp Sunrise Phú Yên của Công ty TNHH Sunrise Phú Yên; dự án Khu du lịch liên hợp cao cấp New City Việt Nam của Công ty New City Việt Nam; dự án Bệnh viên đa khoa Quốc tế Phú Yên của Công ty CP Pymepharco…
    |
 |
| Một góc thành phố Tuy Hòa, Phú Yên. (Ảnh minh hoạ: TTXVN) |
Các dự án xác định giá đất không đúng quy định đó là: Trung tâm TMDV Showroom ô tô, khách sạn và Văn phòng cho thuê Dũng Tiến, Dự án làng du lịch quốc tế ven biển thành phố Tuy Hoà của Công ty TNHH Bắc Âu Biệt thự Resort, Dự án Khu đô thị mới Bắc Lục Khẩu (Khu A) của Công ty TNHH MTV Việt Long Phú Yên…
Công tác đấu thầu còn để xảy ra sai sót, vi phạm trong công tác thẩm định, phê duyệt kế hoạch đấu thầu, công tác lập hồ sơ mời thầu, hồ sơ yêu cầu, đánh giá kết quả lựa chọn nhà thầu; công tác lựa chọn nhà thầu qua mạng chưa được triển khai theo lộ trình quy định tại Điều 37 Thông tư số 07/2015/TTLT-BKHĐT-BTC ngày 8/9/2015 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính, Thông tư số 11/2019/TT- BKHĐT ngày 16/12/2019 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư; kết quả tiết kiệm qua đấu thầu còn thấp, chưa tiết kiệm cho ngân sách.
Từ những kết luận nêu trên, Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo kiểm điểm trách nhiệm để có hình thức xử lý đúng quy định đối với Chủ tịch UBND tỉnh, các Phó Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên phụ trách qua các thời kỳ và chỉ đạo làm rõ trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân có liên quan theo phân cấp cán bộ đã để xảy ra vi phạm, khuyết điểm nêu trong Kết luận thanh tra.
Cùng với đó, Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên căn cứ vào kết quả thanh tra và các quy định của pháp luật có liên quan tổ chức kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm để xử lý theo thẩm quyền, đúng quy định pháp luật; chỉ đạo Thủ trưởng các cơ quan, đơn vị có liên quan nghiêm túc kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm của từng tổ chức, cá nhân có liên quan đến các thiếu sót, vi phạm được nêu trong Kết luận thanh tra, từ đó xác định hình thức xử lý đúng quy định của pháp luật.
Đồng thời chỉ đạo các cơ quan chức năng tập trung giải quyết, khắc phục các tồn tại, hạn chế, sai phạm được nêu trong phần kết quả kiểm tra và kết luận thanh tra; trong quá trình thực hiện nếu phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự thì chuyển sang cơ quan chức năng xử lý theo quy định.
Ngoài ra, Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên chỉ đạo các cơ quan chức năng xử lý về kinh tế, với tổng số tiền 261,812 tỉ đồng.