Theo đó VKSND tối cao kháng nghị toàn bộ bản án hình sự phúc thẩm ngày 8/10/2018 của TAND cấp cao tại Đà Nẵng. Đồng thời đề nghị Hội đồng thẩm phán TAND tối cao xét xử theo thủ tục giám đốc thẩm theo hướng hủy bán án hình sự phúc thẩm và bản án sơ thẩm số 4 ngày 18/1/2018 của TAND tỉnh Quảng Ngãi để điều tra lại và xét xử theo đúng quy định pháp luật, đảm bảo không bỏ lọt tội phạm đối với những nội dung sau:
Làm rõ nhiệm vụ, quyền hạn và trách nhiệm của Phan Ngọc Thụy, Phó phòng kế hoạch Ban điều hành dự án gói thầu 5B Cảng Xuất sản phẩm nhà máy lọc đầu Dung Quất và Ban điều hành dự án để xác định đúng tội danh; Khởi tố điều tra về các hành vi đưa, nhận hối lộ và làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức đối với Phan Ngọc Thụy và Phạm Thị Phi Phượng, giám đốc Công ty TNHH Bến Thuỷ nội địa Haduc (Công ty Haduc).
Đồng thời điều tra làm rõ việc Phan Ngọc Thụy chi tiền cho các đối tượng liên quan; Khởi tố điều tra hành vi thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng của Nguyễn Mạnh Tiến và đánh giá đúng hành vi lừa đảo chiếm đoạt tài sản của Phạm Thị Phi Phượng để quyết định hình phạt tương xứng.
Theo hồ sơ vụ án, tháng 11/2015, Cơ quan An ninh điều tra (ANĐT), Bộ Công an tiếp nhận đơn tố cáo tội phạm của ông Jung Tae Sung (quốc tịch Hàn Quốc), tố cáo Tổng công ty xây dựng công trình giao thông 1 (Công ty Cienco 1) chiếm đoạt tài sản. Tiếp đó, công ty Cienco 1 lại có đơn gửi cơ quan ANĐT Bộ Công an, tố cáo Phạm Thị Phi Phượng lừa đảo chiếm đoạt số tiền hơn 700.000 USD.
Quá trình điều tra, xác minh, cơ quan tố tụng làm rõ, tháng 7/2006, Công ty Cienco 1 ký hợp đồng với nhà thầu BFMC do ông Ban Bong Ho làm Giám đốc, thi công một số hàng mục thuộc dự án nhà máy lọc dầu Dung Quất.
Nhà thầu BFMC liên kết với công ty CP xây dựng Công trình giao thông 69 - ANY Hàn Quốc (Công ty ANY 69) do ông Jung Tae Sung làm giám đốc thực hiện hợp đồng. Tháng 8/2007, sau khi hoàn thành hợp đồng trị giá hơn 3,6 triệu USD, Cienco 1 còn nợ lại BFMC hơn 754.000 USD do chưa thống nhất việc quyết toán.
Tháng 5/2011, Phạm Thị Phi Phượng được thuê làm kế toán ngoài giờ cho ANY 69, và đã tư vấn cho ông Jung Tae Sung đòi khoản tiền mà Công ty Cienco 1 còn nợ nhà thầu BFMC.
Tuy nhiên, sau khi được cung cấp hồ sơ photocopy về hợp đồng, Phượng đã xin nghỉ việc và đến tháng 10/2012, Phượng thành lập Công ty Haduc.
Cuối tháng 11/2012, Phượng làm việc với Phan Ngọc Thuỵ để yêu cầu thanh toán công nợ giúp cho nhà thầu BFMC. Cô ta dựng chuyện nhà thầu BFMC còn nợ mình 20 tỉ đồng và ông Ban Bong Ho đã đồng ý cho Phượng nhận khoản tiền công nợ của BFMC còn lại để trừ nợ.
Phượng thoả thuận với Thuỵ nhờ làm giúp một số văn bản, thủ tục thanh toán thì sẽ chi 18% trên tổng số tiền nhận được. Từ đó, Phượng đã giả mạo chữ ký của ông Ban Bong Ho, con dấu Nhà thầu BFMC làm công văn thanh toán công nợ, chuyển tiền vào tài khoản của Công ty Haduc.
Căn cứ hồ sơ này, Ban quản lý dự án Nhà máy lọc dầu Dung Quất và Công ty Cienco 1 đã chuyển hơn 700.000 USD cho Phượng. Số tiền này, Phượng đã trả nợ thay cho nhà thầu BFMC nợ một số đối tác là 738 triệu đồng; chi cho Thuỵ 3,2 tỉ đồng, và Phượng chiếm đoạt hơn 11 tỉ đồng.
Căn cứ vào hồ sơ tài liệu thu thập được, Cơ quan ANĐT Bộ Công an đã khởi tố Phạm Thị Phi Phương về tội danh "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" và Phan Ngọc Thụy về tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Tại bản án hình sự sơ thảm ngày 18/1/2018, TAND tỉnh Quảng Ngãi đã tuyên phạt Phạm Thị Phi Phương 15 năm tù giam về tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản", tuyên Phan Ngọc Thụy không phạm tội.
Ngày 30/1/2018, VKSND tỉnh Quảng Ngãi ban hành kháng nghị và đề nghị tòa phúc thẩm tuyên bị cáo Phan Ngọc Thụy phạm tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Ngày 5/2/2018, Viện trưởng VKSND cấp cao tại Đà Nẵng cũng ban hành kháng nghị theo hướng hủy bán án sơ thẩm để điều tra lại. Tuy nhiên đến phiên xét xử phúc thẩm ngày 8/10/2018, TAND cấp cao tại Đà Nẵng đã bác kháng nghị nêu trên và giữ nguyên bản án sơ thẩm.