Nội dung vụ án do một doanh nghiệp cổ phần trong lĩnh vực sản xuất thép (gọi tắt là Công ty A) khởi kiện Cơ quan quản lý thuế (gọi tắt là cơ quan thuế) yêu cầu hủy một phần quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, các quyết định giải quyết khiếu nại liên quan, với lý do cho rằng doanh nghiệp được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với dự án “Nhà máy luyện phôi thép”.
Theo hồ sơ vụ án, dự án nêu trên có nguồn gốc từ một dự án đầu tư đã được triển khai trước đó, sau nhiều lần chuyển giao giữa các doanh nghiệp và cuối cùng được Công ty A tiếp nhận, tiếp tục thực hiện.
Trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế giai đoạn 2019–2020, cơ quan thuế xác định doanh nghiệp đã kê khai sai ưu đãi thuế, coi dự án là dự án đầu tư mới, từ đó hưởng mức ưu đãi thuế TNDN không đúng quy định, dẫn đến thiếu số thuế phải nộp cho ngân sách Nhà nước. Căn cứ kết quả kiểm tra, cơ quan thuế đã ban hành quyết định truy thu thuế, xử phạt vi phạm hành chính và tính tiền chậm nộp. Sau khi khiếu nại không được chấp nhận, Công ty A khởi kiện ra Tòa án.
    |
 |
| Kiểm sát viên nghiên cứu hồ sơ. |
Bản án hành chính sơ thẩm số 72/2025/HC-ST ngày 28/5/2025 của Tòa án nhân dân tỉnh B (Nay là Thành phố H) đã chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty A, cho rằng dự án “Nhà máy luyện phôi thép” là dự án đầu tư mới, thuộc diện được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo các quy định về ưu đãi đầu tư; từ đó tuyên hủy một phần quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế và các quyết định giải quyết khiếu nại của Cơ quan thuế.
Không đồng ý với phán quyết của Tòa án cấp sơ thẩm, Cơ quan thuế có thẩm quyền đã kháng cáo toàn bộ Bản án sơ thẩm.
Sau khi xem xét hồ sơ vụ án và nội dung kháng cáo, Viện Phúc thẩm 3 xác định theo các quy định tại Nghị định số 24/2007/NĐ-CP, Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2008 và các văn bản hướng dẫn thi hành, điều kiện bắt buộc để được hưởng ưu đãi thuế TNDN là doanh nghiệp phải là “cơ sở kinh doanh mới thành lập” hoặc “doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư”. Trong khi đó, dự án của Công ty A chỉ là dự án đầu tư mở rộng, tiếp nối dự án đã tồn tại, không làm phát sinh một doanh nghiệp mới hay cơ sở kinh doanh mới theo đúng nghĩa pháp lý.
|
 |
| Kiểm sát viên cao cấp Lê Công Thành - Tham gia kiểm sát việc xét xử tại phiên tòa phúc thẩm. |
Bên cạnh đó, Viện Phúc thẩm 3 chỉ rõ, việc ghi nhận ưu đãi thuế trong Giấy chứng nhận đầu tư không phải là căn cứ pháp lý làm phát sinh quyền hưởng ưu đãi nếu nội dung đó không phù hợp với Luật Thuế TNDN. Theo quy định của pháp luật, doanh nghiệp tự xác định ưu đãi và Cơ quan thuế là cơ quan có thẩm quyền xem xét, quyết định việc doanh nghiệp có đủ điều kiện hưởng ưu đãi hay không.
Đáng chú ý, Viện Phúc thẩm 3 còn chỉ ra rằng, Bản án sơ thẩm đã đồng nhất khái niệm “dự án đầu tư mới” với “doanh nghiệp mới thành lập”, áp dụng chưa đúng thứ bậc hiệu lực của văn bản quy phạm pháp luật và chưa xem xét đầy đủ điều kiện bắt buộc của ưu đãi thuế TNDN, dẫn đến việc chấp nhận yêu cầu khởi kiện của doanh nghiệp là chưa có cơ sở pháp luật vững chắc.
Từ những phân tích trên, Viện Phúc thẩm 3 đã đề nghị Tòa Phúc thẩm 3 chấp nhận kháng cáo của Cơ quan thuế, sửa toàn bộ Bản án sơ thẩm theo hướng bác yêu cầu khởi kiện của doanh nghiệp.
Tại Bản án hành chính phúc thẩm 566/2025/HC-PT ngày 16/12/2025, Tòa Phúc thẩm 3 đã chấp nhận toàn bộ quan điểm của Viện Phúc thẩm 3, tuyên chấp nhận kháng cáo của Cơ quan thuế, sửa toàn bộ Bản án sơ thẩm và bác yêu cầu khởi kiện của Công ty A.
Phán quyết của Tòa Phúc thẩm 3 trong vụ án này không chỉ bảo đảm việc áp dụng đúng và thống nhất pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, mà còn khẳng định vai trò, trách nhiệm của Viện kiểm sát trong việc kiểm sát chặt chẽ hoạt động xét xử, kịp thời phát hiện và kiến nghị khắc phục những sai sót trong nhận định, áp dụng pháp luật của Tòa án cấp sơ thẩm.
Qua đó, vụ án góp phần quan trọng vào việc bảo vệ kỷ cương pháp luật, bảo vệ nguồn thu ngân sách nhà nước, đồng thời là bài học thực tiễn trong việc áp dụng các quy định về ưu đãi thuế, tránh việc hiểu và vận dụng không đúng bản chất pháp lý của các dự án đầu tư.
(Tên doanh nghiệp và toà án đã được thay đổi).