Cụ thể, rủi ro có thể gặp phải đó là: Cơ quan hải quan không kiểm tra, giám sát để phát hiện được các lô hàng nhập lậu, khai sai số lượng chủng loại… đối với các lô hàng nhập khẩu. Còn đối với các lô hàng xuất khẩu, cơ quan hải quan không được giám sát, kiểm tra việc bốc xếp hàng hóa nên dẫn đến rủi ro không quản lý được hàng hóa có đúng theo khai báo trên tờ khai hay không. Đặc biệt đối với hàng nông sản xuất khẩu là mặt hàng được ưu tiên cả trong phân luồng tờ khai, doanh nghiệp dễ dàng lợi dụng để khai khống số lượng, trọng lượng, chủng loại… để hoàn thuế giá trị gia tăng.
Trong những năm trước đây, tại các cửa khẩu đường bộ trên toàn quốc đã xảy ra nhiều vụ việc doanh nghiệp lợi dụng khai khống để hoàn thuế GTGT hàng nghìn tỉ đồng. Riêng cửa khẩu Khánh Bình cũng đã xảy ra vụ việc tương tự, nhiều doanh nghiệp xuất khẩu qua cửa khẩu Khánh Bình và nhiều cán bộ hải quan cửa khẩu Khánh Bình đã bị truy cứu trách nhiệm hình sự.
Để đảm bảo công tác giám sát hải quan theo đúng quy định tại Luật Hải quan và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan, Tổng cục Hải quan đã ban hành công văn số 2777/TCHQ-GSQL ngày 7/7/2022 chỉ đạo Cục Hải quan tỉnh An Giang tăng cường công tác quản lý, giám sát hải quan tại các cửa khẩu biên giới thuộc tỉnh An Giang, trong đó có cửa khẩu Khánh Bình.
Tổng cục Hải quan cũng cho biết, theo quy định của pháp luật Hải quan, hàng hóa xuất khẩu được bốc xếp lên các phương tiện vận tải nước ngoài phải chịu sự giám sát của cơ quan hải quan. Hiện nay, tại cửa khẩu đường bộ Khánh Bình được Tổng cục Hải quan công nhận 2 địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại khu vực cửa khẩu cho 2 doanh nghiệp kinh doanh kho bãi, địa điểm: Công ty TNHH Dương Lan, Công ty TNHH TM Hải Thịnh Phát. Đối với hàng hóa được vận chuyển qua khu vực cửa khẩu đường bộ, việc kiểm tra, giám sát sẽ được thực hiện tại 02 địa điểm của công ty TNHH Thương mại Hải Thịnh Phát và công ty TNHH Dương Lan.
Tại khu vực cửa khẩu đường bộ Khánh Bình phát sinh một số doanh nghiệp kinh doanh địa điểm lưu kho, bãi dưới hình thức tự phát để phục vụ cho hoạt động mua bán trao đổi hàng hóa qua biên giới, nhưng cho phương tiện ô tô của Campuchia vào địa điểm để nhận hàng, tự bốc dỡ hàng hóa trong các địa điểm này lên xuống phương tiện vận tải của Campuchia. Do đây là những địa điểm tự phát, không được Tổng cục Hải quan công nhận đủ điều kiện tập kết, kiểm tra giám sát hải quan, không là địa bàn hoạt động hải quan (cơ quan hải quan không bố trí công chức hải quan thực hiện công tác quản lý nhà nước về hải quan tại địa điểm không được Tổng cục Hải quan công nhận), nên công tác giám sát, kiểm soát hải quan gặp nhiều khó khăn, và doanh nghiệp dễ lợi dụng, để buôn lậu vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới.
Để đảm bảo an ninh trật tự, đồng thời tăng cường công tác kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan ở khu vực cửa khẩu Khánh Bình, tại văn bản 2777/TCHQ-GSQL ngày 7/7/2022 nêu trên, Tổng cục Hải quan đã yêu cầu Cục Hải quan tỉnh An Giang nghiêm túc thực hiện công tác giám sát, kiểm soát, kiểm tra hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; phương tiện xuất cảnh, nhập cảnh tại khu vực cửa khẩu Khánh Bình.
Theo đó, việc tập kết hàng hóa, làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại cửa khẩu đường bộ và khu vực biên giới đường sông phải thực hiện trong các địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu ở biển giới được Tổng cục Hải quan công nhận .
Đối với việc kiểm tra, giám sát sang tải, bốc xếp hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lên, xuống các phương tiện nước ngoài tại cửa khẩu đường bộ và khu vực biên giới đường sông phải thực hiện trong các địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu ở biên giới được Tổng cục Hải quan công nhận. Không được thực hiện tại các địa điểm tập kết tự phát của cá nhân, doanh nghiệp thuộc khu vực cửa khẩu biên giới đường bộ và khu vực biên giới đường sông.”
Đối với phản ánh việc các doanh nghiệp ở An Giang lo lắng trước yêu cầu đưa hàng vào tập kết đột ngột, gặp khó khăn trong sản xuất, phân loại, tập kết hàng hóa nông, thủy sản…, chưa phản ánh đúng bản chất sự việc cũng như chức năng nhiệm vụ của cơ quan Hải quan theo quy định của pháp luật. Bởi hoạt động sản xuất kinh doanh, phân loại, vận tải, bốc dỡ hàng hóa của các doanh nghiệp tại các địa điểm trong nội địa, nếu không liên quan đến phương tiện vận tải của nước ngoài xuất cảnh, nhập cảnh hoặc hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thì hoạt động bình thường theo quy định của pháp luật. Cơ quan hải quan không can thiệp, cho phép hay không cho phép thực hiện các hoạt động này.
Đồng thời, không được phép thực hiện giám sát, kiểm tra hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại các địa điểm tự phát này do không đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan và chưa được Tổng cục Hải quan công nhận. Trường hợp các doanh nghiệp cố tình đưa phương tiện nhập cảnh của nước ngoài vào các địa điểm này này để bốc xếp hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu là vi phạm pháp luật.