Trong và sau mưa bão, lũ lụt sẽ có rất nhiều vi sinh vật, bụi, rác, chất thải… theo dòng nước tràn ra nhiều nơi, gây ô nhiễm môi trường và tiềm ẩn nhiều nguy cơ dịch bệnh. Hơn nữa, mưa và ngập lụt là điều kiện thuận lợi để các loại vi khuẩn, vi rút và trung gian truyền bệnh sinh sôi phát triển và gây bệnh cho con người.
Những dịch bệnh thường hay gặp trong mùa mưa lũ là: tiêu chảy cấp, bệnh đường hô hấp, bệnh về mắt, bệnh ngoài da, sốt xuất huyết, đặc biệt là nguy cơ của dịch bệnh COVID-19 trong điều kiện bão lũ, thiên tai.
Để người dân có biện pháp phòng, chống dịch hiệu quả, cơ quan y tế đã đề nghị các cơ quan, đơn vị và người dân chủ động, tham gia thực hiện các biện pháp phòng chống bệnh, dịch trong bão lụt và mưa lũ, cụ thể:
Cách phòng chống các bệnh thường gặp 
Các bệnh về tiêu hóa: Tiêu chảy do vi khuẩn E. coli, tả, lỵ, thương hàn, bệnh viêm gan A. Bệnh xuất hiện do sử dụng nguồn nước không hợp vệ sinh, thực phẩm bị ô nhiễm
Phòng bệnh:
- Đảm bảo xử lý nước ăn uống, vệ sinh môi trường và vệ sinh cá nhân. Thực hiện nguyên tắc"Ăn chín, uống chín", đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm.
- Đảm bảo đủ nuớc sạch cho ăn uống, sinh hoạt. Rửa tay bằng xà phòng trước khi ăn, sau khi đi vệ sinh.
- Xử lý tốt nguồn phân, chất thải, rác thải và xác động vật chết.
- Uống hoặc tiêm vắc xin phòng bệnh khi có chỉ định đối với các bệnh đã có vắc xin.
Phòng chống bệnh đường hô hấp: Cảm lạnh, cúm, viêm họng, viêm đường hô hấp
Phòng bệnh:
- Giữ ấm khi thời tiết lạnh, nhất là ở trẻ em và người già
- Hạn chế tiếp xúc với người có biểu hiện bị cúm, viêm đường hô hấp.
- Đảm bảo đủ dinh dưỡng
- Chẩn đoán và điều trị kịp thời để hạn chế biến chứng và tử vong
Phòng chống bệnh về mắt: Đau mắt đỏ, viêm bờ mi, viêm tuyến lệ.
Phòng bệnh:
- Không rửa mặt hoặc tắm bằng nước bẩn.
- Không để trẻ em tắm gội, chơi đùa với nước bẩn.
- Rửa tay bằng xà phòng với nước sạch.
- Không dùng chung khăn mặt và chậu chung với người bị đau mắt đỏ.
- Tra thuốc nhỏ mắt (Chloramphenicol 0,4% hoặc Argirol 1%) cho tất cả những người có nguy cơ tiếp xúc với nước bẩn.
- Chú ý diệt ruồi vì ruồi truyền bệnh đau mắt đỏ từ người bệnh sang người lành.
Phòng chống bệnh ngoài da: Nấm chân, tay, viêm lỗ chân lông, hắc lào, lang ben, ghẻ lở, mụn nhọt.
Phòng bệnh:
- Không tắm gội và giặt quần áo bằng nước bẩn. Nếu không có nước giếng đã được khử trùng thì phải đánh phèn hoặc lọc nước bằng cát.
- Không mặc áo quần ẩm ướt.
- Không bơi lội, tắm gội hoặc chơi đùa trong nước ngập vì nước rất bẩn, ngoài gây bệnh ngoài da mà còn gây ra bệnh đường tiêu hoá do nuốt phải nước bẩn.
- Hạn chế lội vào chỗ nước bẩn tù đọng. Nếu bắt buộc phải lội vào nước bẩn thì ngay sau đó phải rửa ngay bằng nước sạch và lau khô, nhất là các kẽ ngón tay, ngón chân.
Phòng chống bệnh do muỗi truyền: Sốt xuất huyết
Phòng bệnh:
- Ngủ màn, mặc quần áo dài phòng muỗi đốt kể cả ban ngày.
- Diệt lăng quăng, bọ gậy, xử lý các dụng cụ chứa nước không cho muỗi đẻ trứng.
- Phun hoá chất diệt muỗi ở các nơi có nguy cơ cao hoặc khu vực có ổ dịch sốt xuất huyết
- Khi bị sốt đến ngay cơ sở y tế để được khám và tư vấn điều trị. Không tự ý điều trị tại nhà.
Hoài Thu