Dự thảo Nghị định gồm 3 chương, 7 điều. Theo dự thảo Nghị định, người nộp phí, lệ phí thực hiện kê khai, nộp phí, lệ phí theo tháng, quý, năm hoặc theo từng lần phát sinh; nộp phí, lệ phí cho tổ chức thu hoặc Kho bạc Nhà nước bằng các hình thức: Nộp trực tiếp bằng tiền mặt hoặc thông qua tổ chức tín dụng, tổ chức dịch vụ và hình thức khác theo quy định của pháp luật. Căn cứ tính chất, đặc điểm của từng khoản phí, lệ phí, cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 2 Điều 4 Luật Phí và lệ phí quy định cụ thể hình thức nộp, kỳ kê khai, nộp phí, lệ phí cho phù hợp.
Tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện kê khai, nộp phí, lệ phí thu được như sau: Định kỳ hằng ngày; tuần hoặc tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí thu được vào Tài khoản phí chờ nộp ngân sách tại Kho bạc Nhà nước; tổ chức thu lệ phí phải gửi số tiền lệ phí thu được vào Tài khoản lệ phí chờ nộp ngân sách hoặc nộp lệ phí vào tài khoản thu ngân sách ngân sách tại Kho bạc Nhà nước.
Căn cứ số tiền phí, lệ phí thu được nhiều hay ít, nơi thu phí, lệ phí xa hay gần Kho bạc Nhà nước, cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 2 Điều 4 Luật Phí và lệ phí quy định định kỳ ngày; tuần hoặc tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu được trong kỳ vào Tài khoản phí chờ nộp ngân sách; tổ chức thu lệ phí phải gửi số tiền lệ phí đã thu được trong kỳ vào Tài khoản lệ phí chờ nộp ngân sách hoặc tài khoản thu ngân sách nhà nước.
Tổ chức thu phí hải quan, lệ phí hàng hóa, hành lý, phương tiện vận tải quá cảnh, Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài thu phí, lệ phí thực hiện kê khai, thu, nộp phí, lệ phí theo quy định tại Nghị định số 126/2020/NĐ-CP.
Về nguyên tắc quản lý và sử dụng phí, dự thảo nêu rõ, phí thu từ các hoạt động dịch vụ do cơ quan nhà nước thực hiện phải nộp vào ngân sách nhà nước, trường hợp cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí thì được khấu trừ theo tỷ lệ xác định quy định; phần còn lại (nếu có) nộp ngân sách nhà nước.
Cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí bao gồm:
a) Cơ quan nhà nước thực hiện cơ chế tài chính theo quy định tại Nghị định số 130/2005/NĐ-CP của Chính phủ quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan nhà nước và Nghị định số 117/2013/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Nghị định số 130/2005/NĐ-CP và cơ quan nhà nước thực hiện cơ chế tài chính, thu nhập đặc thù theo quy định của Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ.
b) Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài.
c) Cơ quan công an, quốc phòng được giao cung cấp dịch vụ, phục vụ công việc quản lý nhà nước được thu phí theo quy định của Luật Phí và lệ phí.
Ngoài ra, dự thảo Nghị định đã sửa đổi Điều 6, Nghị định số 120/2016/NĐ-CP về tổ chức thực hiện.
Cụ thể, khoản 4 Điều 20 Luật Phí và lệ phí quy định trách nhiệm của các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, TAND tối cao, VKSND tối cao như sau: Kiến nghị với Bộ Tài chính về những hoạt động cần thu phí, lệ phí, để Bộ Tài chính báo cáo Chính phủ trình Uỷ ban Thường vụ Quốc hội sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ các khoản phí, lệ phí; kiến nghị với Chính phủ hoặc Bộ Tài chính về mức thu, nộp, miễn, giảm, quản lý và sử dụng đối với từng khoản phí, lệ phí thuộc ngành, lĩnh vực quản lý.
Tại Điều 6 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP quy định trách nhiệm của các bộ trong xây dựng Đề án thu phí, lệ phí trình cấp có thẩm quyền ban hành. Tuy nhiên, chưa quy định rõ trách nhiệm của các bộ trong việc xây dựng Đề án thu các khoản phí, lệ phí thuộc thẩm quyền của Chính phủ, Uỷ ban Thường vụ Quốc hội.
Ngoài ra, trong thời gian qua, Bộ Tài chính nhận được công văn của một số bộ, ngành kiến nghị bổ sung Danh mục phí, lệ phí kèm Luật Phí và lệ phí. Tuy nhiên, không có Đề án đề xuất gửi kèm. Do đó, Bộ Tài chính không có căn cứ để xây dựng Hồ sơ trình Chính phủ, Uỷ ban Thường vụ Quốc hội quyết định.
Vì vậy, Bộ Tài chính trình Chính phủ bổ sung thêm 1 khoản (khoản 4 mới) vào Điều 6 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP như sau: “4. Trường hợp đề xuất sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ Danh mục phí, lệ phí ban hành kèm theo Luật Phí và lệ phí, các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, TAND tối cao, VKSND tối cao (cơ quan quản lý chuyên ngành) chủ trì, phối hợp với bộ, ngành liên quan xây dựng đề án, gửi Bộ Tài chính; để Bộ Tài chính báo cáo Chính phủ trình Uỷ ban Thường vụ Quốc hội sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ các khoản phí, lệ phí.
Trường hợp cần sửa đổi, bổ sung mức thu, nộp, miễn, giảm, quản lý và sử dụng các khoản phí, lệ phí thuộc thẩm quyền của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội, Chính phủ, các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, TAND tối cao, VKSND tối cao (cơ quan quản lý chuyên ngành) chủ trì, phối hợp với bộ, ngành liên quan xây dựng đề án và xin ý kiến của Bộ Tài chính trước khi trình Chính phủ, trình Uỷ ban Thường vụ Quốc hội ban hành văn bản quy định về phí, lệ phí theo thẩm quyền.