Nội dung thanh tra gồm việc cấp phép khai thác khoáng sản làm vật liệu xây dựng thông thường (vật liệu san lấp) để cung cấp cho dự án thành phần đầu tư xây dựng đoạn Vĩnh Hảo - Phan Thiết, dự án thành phần đầu tư xây dựng đoạn Phan Thiết - Dầu Giây, dự án đầu tư xây dựng cầu Mỹ Thuận 2 và đường dẫn 2 đầu cầu. Các địa phương có liên quan là Bình Thuận, Đồng Nai và Đồng Tháp.
Theo Kết luận của Thanh tra Chính phủ, dự án thành phần đầu tư xây dựng đoạn Phan Thiết - Dầu Giây do Bộ Giao thông Vận tải làm chủ đầu tư (Ban Quản lý dự án Thăng Long), đi qua địa bàn các huyện Hàm Thuận Nam, Hàm Tân thuộc tỉnh Bình Thuận và Xuân Lộc, Cẩm Mỹ, Thống Nhất, TP Long Khánh thuộc tỉnh Đồng Nai, với tổng chiều dài là 99km.
Theo hồ sơ thiết kế kỹ thuật chi tiết và dự toán dự án, nhu cầu sử dụng vật liệu san lấp tại dự án là 3.911.000m3 đất. Nguồn cung cấp thuộc 5 khu mỏ trên địa bàn các huyện Xuân Lộc, Cẩm Mỹ và TP Long Khánh, tỉnh Đồng Nai.
Để đáp ứng kịp thời, đầy đủ nguồn vật liệu san lấp chỉ dành riêng cho việc thi công đường cao tốc Phan Thiết - Dầu Giây, trên cơ sở khảo sát, đề nghị ban quản lý dự án và các sở, ngành, địa phương, UBND tỉnh Đồng Nai đã thống nhất cho phép thực hiện 4 phương án hạ cote nền, cải tạo đất nông nghiệp kết hợp thu hồi vật liệu san lấp phục vụ thi công dự án.
Ngoài các khu vực được phép thu hồi vật liệu san lấp cung cấp cho dự án nêu trên, qua xem xét hồ sơ cấp phép của 6 mỏ đá có cung cấp cho dự án (là các mỏ đá đã được cấp phép trước đây, nhà thầu tự hợp đồng mua đá với đơn vị khai thác), Thanh tra Chính phủ nhận thấy, UBND tỉnh Đồng Nai ban hành 2 quyết định gia hạn giấy phép khai thác đá; 1 quyết định điều chỉnh diện tích và tăng thời hạn khai thác đá, không đúng quy định tại khoản 1 Điều 84 Luật Khoáng sản năm 2010.
Theo Thanh tra Chính phủ, nguyên nhân chủ yếu dẫn đến vi phạm trên là do việc áp dụng quy định pháp luật của UBND tỉnh Đồng Nai và Sở Tài nguyên và Môi trường chưa chính xác, trong đó có nguyên nhân khách quan do Luật Khoáng sản năm 2010 có quy định về việc các giấy phép đã cấp trước ngày 1/7/2011 được hoạt động khai thác đến hết thời hạn ghi trong giấy phép, nhưng không có hướng dẫn thi hành cụ thể, trong khi Luật Khoáng sản và các văn bản hướng dẫn thi hành có nội dung quy định về việc gia hạn giấy phép.
Việc cấp phép đã dẫn đến một khối lượng đá được khai thác và cung ứng ra ngoài thị trường, mặc dù đơn vị khai thác đã nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản và các loại thuế, phí theo quy định, nhưng vi phạm cần được xem xét, làm rõ để có biện pháp xử lý phù hợp theo quy định.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai tổ chức kiểm điểm làm rõ trách nhiệm, qua đó, xem xét, xử lý phù hợp theo quy định đối với các tập thể, cá nhân có khuyết điểm, vi phạm trong việc cho phép thu hồi vật liệu san lấp cung cấp cho dự án cao tốc Phan Thiết - Dầu Giây, việc gia hạn giấy phép không đúng quy định, việc cấp phép khai thác đá tại khu vực mỏ đã khoanh định thuộc khu vực không đấu giá quyền khai thác nhưng không chỉ định cung cấp cho các công trình theo quy định tại điểm đ khoản 1 Điều 22 Nghị định số 158/2016/NĐ-CP của Chính phủ.
Qua quá trình kiểm điểm, xử lý, nếu phát hiện có dấu hiệu tội phạm thì chuyển Cơ quan Cảnh sát Điều tra xem xét theo thẩm quyền.
Đối với tỉnh Đồng Tháp, theo Kết luận thanh tra về việc cấp phép khai thác cát, UBND tỉnh Đồng Tháp gia hạn khai thác cát đối với 12 giấy phép hết hạn sau ngày 1/7/2011 là không đúng quy định tại khoản 1 Điều 84 Luật Khoáng sản năm 2010.
Cấp mới 7 giấy phép khai thác cát thuộc khu vực khoanh định không đấu giá nhưng chỉ xác định ưu tiên cung ứng cát cho các công trình trên địa bàn, nhất là các công trình sử dụng vốn đầu tư công theo đề nghị của cơ quan chức năng, dẫn đến đơn vị khai thác cát trên địa bàn tỉnh đã cung cấp cát ra thị trường là chưa đúng quy định tại khoản 5 Điều 12 Nghị định số 15/2012/NĐ-CP và điểm đ khoản 1 Điều 22 Nghị định số 158/2016/NĐ-CP của Chính phủ.