Theo thông tin từ UBKT Trung ương cho biết, kết luận việc kiểm tra xem xét, thi hành kỷ luật, ông Trần Văn Thạch có các khuyết điểm, sai phạm: Trong năm 2014, là Chi ủy viên, Phó Trưởng phòng GD&ĐT huyện, ông Thạch đã tham mưu UBND huyện bổ nhiệm cán bộ, công chức, viên chức giữ chức vụ lãnh đạo, quản lý không đúng quy định, quy trình; ký các tờ trình, quyết định về công tác cán bộ không đúng thẩm quyền, không đúng nhiệm vụ được giao.
Từ 2014 - 2018, là Huyện ủy viên, Phó Trưởng phòng phụ trách, Trưởng phòng GD&ĐT, ông Thạch đã ký các quyết định điều động, thuyên chuyển giáo viên, viên chức không đúng thẩm quyền, trái quy định; ban hành kế hoạch phân loại, xếp hạng các trường học trên địa bàn huyện không đúng thẩm quyền, không đúng trách nhiệm được giao; để xảy ra thiếu sót, vi phạm trong đầu tư, xây dựng, trong quản lý tài chính, điều hành ngân sách; xét đề nghị công nhận sáng kiến không đúng quy định.
Theo thông báo kết luận của UBKT Tỉnh ủy Phú Yên, vi phạm của ông Trần Văn Thạch làm giảm uy tín của bản thân, của Ngành; làm phát sinh đơn thư tố cáo, khiếu nại gửi nhiều cấp, nhiều ngành.
Bên cạnh đó, UBKT Huyện ủy Tuy An cần kiểm điểm nghiêm túc, rút kinh nghiệm trong việc kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm và xem xét, thi hành kỷ luật đối với ông Trần Văn Thạch đã thẩm tra, xác minh chưa đầy đủ, thiếu chặt chẽ, dẫn đến kết luận sai phạm chưa đúng tính chất, mức độ, áp dụng tình tiết giảm nhẹ chưa đúng, từ đó, biểu quyết không xử lý kỷ luật, đề nghị kiểm điểm rút kinh nghiệm là chưa công minh, chính xác trong thi hành kỷ luật đảng.