Giải pháp nâng cao hiệu quả giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng

Cục Thuế đã ban hành Chỉ thị triển khai giải pháp nâng cao hiệu quả trong giải quyết hoàn thuế GTGT. Ảnh minh họa: Cục Thuế

Cụ thể, theo Chỉ thị số 34/CT-CT ngày 2/10/2026 của Cục Thuế về việc triển khai giải pháp nâng cao hiệu quả trong giải quyết hoàn thuế GTGT, công tác hoàn thuế đã có nhiều chuyển biến, đạt một số kết quả tích cực.

Đáng chú ý, hoàn thuế điện tử đạt tỉ lệ 99%, áp dụng hệ thống tự động phân loại 100% hồ sơ hoàn thuế; 87% số hồ sơ hoàn thuế GTGT thuộc diện “hoàn thuế trước, kiểm tra sau” đã được cơ quan Thuế giải quyết trong vòng 6 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ của người nộp thuế (NNT). 

Ngoài ra, Cục Thuế cũng đã tham mưu Bộ Tài chính báo cáo Chính phủ hoàn thiện cơ sở pháp lý về hoàn thuế tại Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Nghị định số 252/2026/NĐ-CP và Thông tư số 89/2026/TT-BTC.

Theo đó, hồ sơ cũng được đơn giản hóa, lược bỏ chứng từ, thông tin không cần thiết hoặc trùng lặp, đồng thời bổ sung cơ sở pháp lý triển khai hoàn thuế GTGT tự động và thực hiện giải quyết hoàn thuế kể từ ngày cơ quan Thuế ban hành kết luận hoặc quyết định xử lý vi phạm sau kiểm tra đối với hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế. 

Để triển khai hiệu quả yêu cầu về thời gian, Chỉ thị yêu cầu cơ quan Thuế các cấp thực hiện đồng bộ các giải pháp rút ngắn thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT, từ tiếp nhận, phân loại đến kiểm tra và ban hành kết quả.

Bảo đảm 100% hồ sơ hoàn thuế GTGT được tiếp nhận bằng phương thức điện tử; Hệ thống thông tin giải quyết thủ tục hành chính tự động tiếp nhận và trả kết quả tiếp nhận ngay cho NNT sau khi tiếp nhận hồ sơ. Trường hợp NNT gửi hồ sơ giấy, cơ quan Thuế hướng dẫn thực hiện qua hệ thống này.

Cùng với đó, cơ quan Thuế phải khai thác hiệu quả Cơ sở dữ liệu quản lý thuế, bao gồm tờ khai thuế, hóa đơn điện tử, tờ khai hải quan, kết quả phân tích rủi ro và các thông tin liên quan, bảo đảm 100% hồ sơ được giải quyết đúng hạn, trừ hồ sơ có dấu hiệu gian lận, trốn thuế hoặc vi phạm pháp luật. Trường hợp số thuế đề nghị hoàn không được hoàn hoặc chưa đủ điều kiện hoàn, thông báo phải nêu rõ lý do và căn cứ pháp luật đối với từng khoản.

Để tạo chuyển biến rõ nét trong tiến độ giải quyết hồ sơ, Cục Thuế yêu cầu các đơn vị chỉ đạo bộ phận chức năng rà soát, tổng hợp toàn bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT còn tồn đọng; phân loại theo nhóm đối tượng, mặt hàng, xác định rõ khó khăn, vướng mắc và thời gian giải quyết từng hồ sơ. Trên cơ sở đó, các đơn vị bố trí đầy đủ nhân lực, phân công nhiệm vụ cụ thể, tổ chức giám sát và kiểm tra tiến độ thực hiện hằng tuần.

Mục tiêu đặt ra là cơ quan Thuế các cấp không còn hồ sơ tồn quá hạn, ngoại trừ hồ sơ có rủi ro cao, có nghi vấn gian lận thuế cần xác minh, kiểm tra. Đối với các trường hợp ngoại lệ này, cơ quan thuế phải có thông báo cụ thể đến NNT qua Hệ thống thông tin giải quyết thủ tục hành chính về số thuế không đủ điều kiện hoàn, số thuế chưa đủ điều kiện hoàn, lý do, các cơ quan liên quan cần phối hợp xác minh và thời hạn xác minh.

Chỉ thị cũng yêu cầu Thủ trưởng các Thuế tỉnh, thành phố, Chi cục thuế Doanh nghiệp lớn, Chi cục thuế Thương mại điện tử trong quá trình phê duyệt và gửi báo cáo tình hình tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT thực hiện bằng phương thức điện tử. Đồng thời, để bảo đảm việc theo dõi, chỉ đạo được thực hiện thường xuyên, định kỳ hằng tuần phải báo cáo Cục Thuế công tác triển khai, tiến độ thực hiện, những khó khăn vướng mắc (nếu có) để tập trung chỉ đạo tháo gỡ kịp thời, từ đó đẩy nhanh tiến độ xử lý hồ sơ hoàn thuế trên môi trường điện tử.

Trên cơ sở rà soát, phân tích, đánh giá và nhận diện rủi ro, Cục Thuế yêu cầu cơ quan Thuế các cấp tăng cường khai thác, phân tích, đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử, kê khai thuế, đăng ký thuế, lịch sử tuân thủ và các dữ liệu có liên quan; kết nối thông tin giữa người bán, người mua, hóa đơn đầu vào, đầu ra và các tổ chức, cá nhân liên quan để kịp thời nhận diện, cảnh báo rủi ro phục vụ công tác quản lý hoàn thuế. Việc nhận diện rủi ro phải được thực hiện ngay trong quá trình kê khai, sử dụng hóa đơn và phát sinh giao dịch, không chờ đến khi phát sinh hồ sơ hoàn thuế mới tiến hành.

Bên cạnh đó, nhằm tăng cường kỷ cương, kỷ luật công vụ, Chỉ thị yêu cầu cơ quan Thuế các cấp tổ chức rà soát, xác định rõ trách nhiệm của công chức, bộ phận và người kiểm soát, phê duyệt đối với từng hồ sơ có tồn tại, vi phạm.

Đồng thời, các đơn vị phải nghiêm túc quán triệt, chấn chỉnh và xử lý ngay những tồn tại, vướng mắc trong giải quyết hoàn thuế; bảo đảm không còn tình trạng ban hành thông báo, quyết định, lệnh hoàn chậm thời hạn; không cập nhật hoặc cập nhật không đúng thời điểm trên hệ thống quản lý thuế tập trung; nội dung yêu cầu giải trình, bổ sung tài liệu chưa cụ thể; việc kiểm tra, xác minh hóa đơn, người bán và các tổ chức, cá nhân liên quan chưa đầy đủ, kịp thời; hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn quá thời hạn 05 năm chưa được thực hiện.