Theo kết quả điều tra, Đỗ Công Nguyên đã thành lập một doanh nghiệp kinh doanh và mua bán bất động sản, giữ vai trò giám đốc. Từ năm 2022, doanh nghiệp của Nguyên đã thực hiện các dịch vụ pháp lý liên quan đến bất động sản.
Trong quá trình này, Đỗ Công Nguyên và Phí Đình Dũng đã sử dụng nhiều thủ đoạn trong việc lập hồ sơ kế toán, hồ sơ chuyển nhượng đất và hồ sơ về các dự án bất động sản. Mục đích của họ là tìm cách lách luật để làm giảm số tiền thuế phải nộp vào ngân sách Nhà nước trong lĩnh vực kinh doanh bất động sản.
Hành vi của Đỗ Công Nguyên và Phí Đình Dũng đã có dấu hiệu của tội "Trốn thuế", được Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an huyện Bảo Lâm phát hiện và tiến hành xác minh.
Sau thời gian đấu tranh và củng cố các tài liệu, chứng cứ liên quan, cơ quan điều tra huyện Bảo Lâm đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can đối với Nguyên và Dũng theo quy định. Đồng thời, cơ quan này tiếp tục điều tra, mở rộng và xử lý các cá nhân khác có liên quan.
Ngoài tội danh "Trốn thuế", Đỗ Công Nguyên còn là bị can trong vụ án "Đưa, nhận hối lộ" xảy ra tại thị trấn Lộc Thắng, huyện Bảo Lâm. Vụ án này đã được Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an huyện Bảo Lâm điều tra và khởi tố trước đó.
Cụ thể, vào năm 2021, trong quá trình Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Lâm Đồng triển khai đo đạc, chỉnh lý biến động, lập bản đồ địa chính, đăng ký đất đai và cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất tại thị trấn Lộc Thắng, Đỗ Công Nguyên đã thông qua mối quan hệ quen biết với hai bị can Lê Văn Sáng và Đỗ Ngọc Châu (nguyên Trưởng ban và Phó trưởng ban Nghiệp vụ cơ sở dữ liệu thuộc Trung tâm kỹ thuật công nghệ địa chính Cục Đăng ký đất đai Bộ Tài nguyên và Môi trường) để đưa hối lộ.
Mục đích của Nguyên là nhằm cập nhật, chỉnh lý để hình thành đường giao thông lên thửa đất do Nguyên đứng tên tại huyện Bảo Lâm, từ đó phục vụ việc tách thành nhiều thửa đất và tự ý quảng cáo là dự án bất động sản để chuyển nhượng.
Hành vi của Đỗ Công Nguyên, Lê Văn Sáng và Đỗ Ngọc Châu đã bị Công an huyện Bảo Lâm điều tra kết luận và đề nghị VKSND huyện Bảo Lâm truy tố theo quy định của pháp luật.