Ngày 26/12/2018, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu (C03) đã chủ trì, phối hợp với Cục Cảnh sát giao thông, Cục An ninh mạng và phòng, chống tội phạm sử dụng công nghệ cao, các đơn vị nghiệp vụ của Bộ Công an, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an, Viện kiểm sát nhân dân tối cao, đã tiến hành bắt giữ người trong trường hợp khẩn cấp và khám xét khẩn cấp đối với: Ngô Bá Thắng, Giám đốc chi nhánh Long An thuộc Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh; Trần Văn Miền, Phó Giám đốc chi nhánh Long An kiêm Trạm trưởng Trạm thu phí Chợ Đệm, Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh; Tô Phước Hùng, Kế toán trưởng Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh; Nguyễn Thị Kim Huệ, Kế toán Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh; Nguyễn Văn Hiền, Giám đốc Công ty TNHH Kỹ thuật Xuân Phi.
    |
 |
| Công ty Yên Khánh thu phí cao tốc TP. HCM- Trung Lương trong 5 năm |
Cao tốc TP.HCM - Trung Lương được Bộ Giao thông vận tải phối hợp với Bộ Tài chính và Bộ Tư pháp tổ chức bán đấu giá quyền thu phí 5 năm (từ ngày 1.1.2014 đến ngày 31.12.2018) để hoàn vốn ngân sách nhà nước. Công ty cổ phần tập đoàn Yên Khánh là nhà đầu tư đã trúng đấu giá quyền thu phí 5 năm của dự án này.
Quá trình khám xét, đã thu giữ một số tài liệu, chứng cứ điện tử xác định các đối tượng nêu trên có hành vi mua bán, sử dụng phần mềm trái pháp luật để trốn thuế, gây thất thu cho ngân sách của Nhà nước.
Chuyên án đấu tranh với hành vi mua bán, sử dụng phần mềm trái pháp luật của Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh chi nhánh Long An nhằm che giấu doanh số thu phí, trốn thuế xảy ra tại các trạm thu phí trên tuyến cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương đã được các cơ quan chức năng phối hợp thực hiện từ lâu.
Hiện nay, các cơ quan chức năng đang tiến hành điều tra mở rộng để xử lý các đối tượng theo đúng quy định của pháp luật và thu hồi tài sản cho Nhà nước.
Liên quan đến Công ty CP Yên Khánh, ngày 23.11.2018, Cơ quan Điều tra hình sự Bộ Quốc phòng đã thực hiện xong các quyết định và lệnh bắt tạm giam bị can: Đại tá Trần Trọng Tuấn, Phó Giám đốc Công ty Hải Thành/Quân chủng Hải quân và Vũ Thị Hoan, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Yên Khánh, Giám đốc Công ty cổ phần Yên Khánh - Hải Thành. Nhân vật đáng chú ý trong số các bị can vừa bị khởi tố, bắt tạm giam là bà Vũ Thị Hoan, một nữ đai gia trong lĩnh vực hạ tầng giao thông, nguyên Giám đốc Công ty Yên Khánh.
Công ty Yên Khánh được thành lập từ năm 2005, với các ngành nghề kinh doanh chính chủ yếu là sản xuất plastic và cao su tổng hợp, bán buôn các loại hàng hóa, xây dựng công trình dân dụng, kinh doanh bất động sản, vận tải hàng hóa… Công ty Yên Khánh có 3 cổ đông sáng lập bà Đinh Thị Hiên (30%), Vũ Thị Hoan (69,5%) và Đinh Thị Liên (0,5%). Thời điểm hiện tại, Yên Khánh đã có vốn điều lệ lên tới 1.800 tỷ đồng.
Trước đó, theo thông báo của Tổng cục Đường bộ Việt Nam, từ 0 giờ ngày 1.1.2019, tổng công ty Đầu tư phát triển và Quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long sẽ bàn giao tài sản thuộc tuyến cao tốc TP.HCM – Trung Lương cho Cục Quản lý đường bộ IV (thuộc tổng cục Đường bộ Việt Nam) tiếp nhận quản lý.