Theo Thanh tra Chính phủ, bên cạnh những kết quả đạt được thì việc thực hiện pháp luật về thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng giai đoạn 2015-2020; công tác quản lý, sử dụng đất đai và công tác quản lý đầu tư xây dựng cơ bản trên địa bàn tỉnh Yên Bái giai đoạn 2010-2020 còn có một số tồn tại, hạn chế, thiếu sót, vi phạm.
Trong đó, đối với các dự án thuộc đất quốc phòng kho K18, trong đó đất quốc phòng kho K18 theo Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cấp cho Quân khu II quản lý, sử dụng diện tích 31,6 ha, sau khi đo đạc thực tế diện tích là 34 ha thuộc quy hoạch đất Quốc phòng, trong đó có diện tích 21,75 ha thuộc 2 dự án. Trong đó, dự án nhà máy may Chiến Thắng, diện tích 49.621,3 m2 và nhà ở thương mại phường Pú Trạng, diện tích 16,797 ha đã được UBND tỉnh tổ chức đấu giá quyền sử dụng đất.
Quân khu II đã bàn giao cho UBND tỉnh quản lý sử dụng vào mục đích phát triển kinh tế xã hội, khi chưa được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt điều chỉnh quy hoạch đất quốc phòng sang các loại đất khác và phê duyệt phương án sắp xếp lại, xử lý cơ sở nhà, đất là chưa phù hợp theo quy định.
Cùng với đó, khu đất quốc phòng diện tích 60.783,4 m2, Ban Chỉ huy Quân sự tỉnh Yên Bái đã ban hành quyết định "về việc cho cán bộ, nhân viên mượn đất quốc phòng làm nhà ở với 177 lô đất (100 m2/lô), tổng diện tích là 1,77 ha. Sau khi có quyết định cho mượn đất, các hộ gia đình quân nhân đã thực hiện xây dựng nhà ở là chưa đúng quy định tại Điều 89 Luật Đất đai năm 2003.
Liên quan đến dự án sân golf Ngôi Sao Yên Bái, theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, việc UBND tỉnh Yên Bái phê duyệt đồ án quy hoạch tỷ lệ 1/2000 khu du lịch sinh thái hồ Đầm Hậu, diện tích Khu sân golf 160 ha (vượt 60 ha) là chưa đúng theo Quyết định số 1946/QĐ-TTg ngày 26/11/2009 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt quy hoạch sân golf Việt Nam đến năm 2020 trong đó quy định diện tích tối đa dành cho sân golf 18 lỗ là 100 ha. Dự án chưa được Bộ Kế hoạch và Đầu tư thẩm định là chưa phù hợp quy định của Quyết định số 1946/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.
Quy hoạch chi tiết 1/500 của dự án do UBND huyện Trấn Yên phê duyệt chưa phù hợp với quy hoạch xây dựng tỷ lệ 1/2000 được UBND tỉnh phê duyệt là chưa đúng quy định tại Luật Xây dựng năm 2014.
Việc thực hiện thu hồi 177,78 ha/170,30 ha (vượt 7,48 ha) dẫn đến thực hiện chi trả tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng (GPMB), tái định cư hơn 64 tỉ đồng đồng/hơn 56 tỉ đồng (vượt hơn 8 tỉ đồng) so với tổng mức đầu tư Tiểu dự án GPMB đã được UBND tỉnh Yên Bái phê duyệt tại Quyết định số 1285/QĐ-UBND ngày 15/7/2015 nhưng không báo cáo người quyết định đầu tư xem xét, quyết định việc điều chỉnh là chưa phù hợp với Luật Xây dựng năm 2014.
Công ty thực hiện khởi công xây dựng công trình từ năm 2015 khi chưa có mặt bằng xây dựng, chưa có Giấy phép xây dựng là chưa phù hợp của Luật Xây dựng năm 2014. Đến ngày 25/4/2019, dự án mới được Sở Xây dựng cấp Giấy phép số 775/GPXD-SXD cho các hạng mục: San nền, giao thông, cổng chính, cổng phụ, nhà bảo vệ, tường rào, bãi đỗ xe khách. Theo tiến độ được phê duyệt so với Giấy chứng nhận đầu tư, dự án chậm tiến độ 4 năm.
Sau khi kết thúc thanh tra tại địa phương, UBND tỉnh Yên Bái đã ban hành Quyết định số 414/QĐ-UBND ngày 24/3/2022 về phê duyệt điều chỉnh Quy hoạch phân khu xây dựng tỷ lệ 1/2000 khu du lịch sinh thái hồ Đầm Hậu; Quyết định số 888/QĐ-UBND ngày 9/6/2022 về điều chỉnh chủ trương đầu tư dự án Tổ hợp sân golf Ngô Sao Yên Bái; UBND huyện Trấn Yên có Quyết định số 2518/QĐ-UBND ngày 2/7/2022 phê duyệt điều chỉnh quy hoạch chi tiết 1/500 dự án tổ hợp sân golf Yên Bái, điều chỉnh quy mô sân golf từ 160 ha xuống còn 135 ha là phù hợp với quy định tại Nghị định số 52/NĐ-CP ngày 27/4/2020 của Chính phủ.
Trách nhiệm thuộc UBND tỉnh Yên Bái (Chủ tịch UBND, Phó Chủ tịch UBND tỉnh phụ trách), các Sở: Tài nguyên và Môi trường, Tài chính, Xây dựng (Giám đốc, phó Giám đốc phụ trách), UBND huyện Trấn Yên (Chủ tịch, phó Chủ tịch UBND huyện phụ trách), Trung tâm phát triển quỹ đất, Công ty cổ phần sân golf Ngôi Sao Yên Bái và các tổ chức cá nhân có liên quan.
Ngoài ra, kết luận thanh tra cũng nêu rõ, dự án Nhà máy gạch Sông Hồng Yên Bái, Chủ đầu tư là Công ty Cổ phần đầu tư phát triển công nghiệp Sông Hồng, diện tích sử dụng đất 5,73 ha, đến năm 2021 điều chỉnh theo quy hoạch còn 4,5 ha, dự án đã đi vào hoạt động từ năm 2016 chưa có quyết định giao đất, cho thuê đất, chưa ký hợp đồng thuê đất, chưa được cấp phép xây dựng, chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính về tiền thuê đất, tiền thuê hạ tầng, vi phạm Luật Đầu tư, Luật Đất đai, Luật Xây dựng.
Dự án Nhà máy luyện gang - thép Cửu Long, Chủ đầu tư là Công ty Cổ phần thép Cửu Long Yên Bái, diện tích sử dụng đất 28 ha, chưa được cấp giấy phép xây dựng, chậm tiến độ, vi phạm Khoản 2 Điều 10 và Khoản 1 Điều 62 và Điều 63 Luật Xây dựng 2003; các quy định tại Nghị định số 180/2007/NĐ-CP ; Nghị định số 121/2013/NĐ-CP; Nghị định số 139/2017/NĐ-CP của Chính phủ về xử phạt trong hoạt động đầu tư xây dựng.