Về phạm vi điều chỉnh, theo dự thảo, Thông tư này quy định một số nội dung về trình tự, thủ tục tiến hành một cuộc thanh tra, giám sát hoạt động của Đoàn thanh tra, thẩm định dự thảo kết luận thanh tra, ban hành và công khai kết luận thanh tra, xử lý vi phạm trong hoạt động thanh tra.
Dự thảo Thông tư cũng quy định cụ thể về trình tự, thủ tục tiến hành cuộc thanh tra gồm: Thu thập thông tin để chuẩn bị thanh tra; Ban hành Quyết định thanh tra; Xây dựng, phê duyệt, phổ biến kế hoạch tiến hành thanh tra; Công bố quyết định thanh tra; Phân công nhiệm vụ, báo cáo trong quá trình tiến hành thanh tra; Nhật ký Đoàn thanh tra; Báo cáo kết quả thực hiện nhiệm vụ của thành viên Đoàn thanh tra; Báo cáo kết quả thanh tra của Đoàn thanh tra; Xem xét Báo cáo kết quả thanh tra của Đoàn thanh tra; Xây dựng dự thảo kết luận thanh tra; Yêu cầu đối tượng thanh tra giải trình, làm rõ nội dung trong dự thảo kết luận thanh tra; Ban hành kết luận thanh tra; Công khai kết luận thanh tra; Kết thúc hoạt động của Đoàn thanh tra.
Về xử lý hành vi vi phạm của Trưởng đoàn thanh tra, thành viên Đoàn thanh tra, dự thảo Thông tư nêu rõ: 1. Trưởng đoàn thanh tra, thành viên Đoàn thanh tra tùy theo tính chất, mức độ vi phạm phải bị xử lý kỷ luật hoặc bị truy cứu trách nhiệm hình sự, trường hợp gây thiệt hại thì phải bồi thường theo quy định của pháp luật khi có một trong các hành vi sau:
a) Lợi dụng chức vụ, quyền hạn để thực hiện hành vi trái pháp luật, sách nhiễu, gây khó khăn, phiền hà cho đối tượng thanh tra;
b) Thanh tra vượt quá thẩm quyền, mở rộng hay thu hẹp phạm vi, nội dung thanh tra được xác định trong Quyết định thanh tra, kế hoạch tiến hành thanh tra;
c) Làm sai lệch Hồ sơ thanh tra, giả mạo, sửa chữa, tiêu hủy tài liệu, chứng cứ nhằm kết luận, báo cáo sai sự thật; chiếm đoạt Hồ sơ thanh tra;
d) Bao che cho cơ quan, tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm pháp luật;
đ) Tiết lộ thông tin, tài liệu về nội dung thanh tra trong quá trình thanh tra khi chưa có kết luận chính thức; quản lý, sử dụng trái phép hồ sơ, tài liệu thanh tra;
e) Không báo cáo hành vi vi phạm pháp luật đã được phát hiện; báo cáo, kết luận không đúng với tính chất, mức độ của hành vi vi phạm;
g) Các hành vi vi phạm khác theo quy định của pháp luật.
2. Người thực hiện giám sát có hành vi bao che cho các hành vi vi phạm của Trưởng đoàn thanh tra, thành viên Đoàn thanh tra thì tùy theo mức độ mà bị xử lý kỷ luật hoặc bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật.
3. Trường hợp Trưởng đoàn thanh tra có hành vi vi phạm trong hoạt động thanh tra thì Người ra quyết định thanh tra phải chủ trì kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm của người đó và kiến nghị xem xét kỷ luật theo quy định của pháp luật.
Trường hợp thành viên Đoàn thanh tra vi phạm quy định trong hoạt động thanh tra thì Trưởng đoàn thanh tra phải chủ trì kiểm điểm, làm rõ về hành vi vi phạm và kiến nghị xử lý theo quy định. Trưởng đoàn thanh tra phải báo cáo bằng văn bản với Người ra quyết định thanh tra, Thủ trưởng cơ quan, đơn vị quản lý thành viên Đoàn thanh tra để chỉ đạo, xem xét kỷ luật theo quy định.
Trường hợp người thực hiện giám sát có hành vi vi phạm khi thực hiện giám sát thì Thủ trưởng cơ quan thanh tra chủ trì kiểm điểm, làm rõ hành vi vi phạm để xử lý theo quy định.
Trình tự, thủ tục, thẩm quyền xử lý kỷ luật được thực hiện theo quy định của pháp luật về xử lý kỷ luật đối với cán bộ, công chức, viên chức.