Theo đó, việc sắp xếp, sáp nhập được chia làm 3 giai đoạn nhằm tinh gọn đầu mối, nâng cao hiệu quả hoạt động và chất lượng phục vụ người dân.
Giai đoạn 1, sau khi hợp nhất với Sở Y tế Bình Dương và Bà Rịa - Vũng Tàu (cũ) từ ngày 1/7/2025, Sở Y tế TP HCM có 9 phòng chuyên môn, 2 chi cục và 124 đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc.
Giai đoạn 2, Sở tiếp tục sắp xếp còn 118 đơn vị, gồm 32 bệnh viện đa khoa, 28 bệnh viện chuyên khoa, 5 trung tâm chuyên ngành và y tế dự phòng, 38 trung tâm y tế khu vực, 15 trung tâm bảo trợ xã hội.
    |
 |
| Bệnh viện đa khoa Sài Gòn sáp nhập vào Bệnh viện Nhân dân Gia Định. |
Trong đó, các Trung tâm Kiểm soát bệnh tật, Giám định y khoa, Pháp y của 3 địa phương được hợp nhất; 38 trung tâm y tế quận, huyện được chuyển thành trung tâm y tế khu vực (13 có giường bệnh, 25 không có giường bệnh).
4 trung tâm Nhiêu Lộc, Chợ Lớn, Hòa Hưng và Cần Giờ chuyển mô hình sang trung tâm không có giường bệnh; 443 trạm y tế xã, phường, đặc khu được tổ chức lại thành 168 trạm y tế gắn với 296 điểm y tế trực thuộc.
Giai đoạn 3 (hoàn thành trước 31/12), Sở còn 9 phòng chuyên môn, 2 chi cục và 92 đơn vị trực thuộc. Gồm 60 bệnh viện, 5 trung tâm chuyên ngành và y tế dự phòng, 13 trung tâm y tế khu vực có giường bệnh, 14 trung tâm bảo trợ xã hội. 168 trạm y tế sẽ trực thuộc UBND phường, xã, đặc khu.
Sở Y tế TP HCM sẽ củng cố năng lực các bệnh viện tại địa bàn Bà Rịa - Vũng Tàu và Bình Dương (cũ). Cụ thể, Bệnh viện Nhân dân Gia Định hỗ trợ toàn diện Bệnh viện Đa khoa Vũng Tàu, Bệnh viện Nhân dân 115 hỗ trợ Bệnh viện Đa khoa Bà Rịa, các bệnh viện đầu ngành tiếp tục hỗ trợ Bệnh viện Đa khoa Bình Dương, đồng thời kiến nghị sớm hoàn thành cơ sở mới.