Theo tài liệu điều tra, khoảng 21h ngày 18/10/2022, Vương Văn Vân (SN 1960), trú huyện Lập Thạch, tỉnh Vĩnh Phúc một mình đi bộ đến nhà anh Nguyễn Văn Tr. (SN 1983), ở cùng thôn chơi.
Lúc này, anh Tr. và vợ không ở nhà chỉ có cháu Nguyễn T.M.T (SN 2008) (cháu T. mới 13 tuổi 10 tháng là con của anh Tr.) ở nhà một mình.
Lợi dụng tình trạng không thể tự vệ được của cháu T., Vương Văn Vân đã thực hiện hành vi giao cấu với cháu T.
Khi Vân đang giao cấu với cháu T. thì anh Tr. về nhà bắt quả tang Vân đang có hành vi giao cấu với cháu T. nên anh Tr. viết đơn trình báo cơ quan Công an.
Quá trình làm việc với Công an huyện Lập Thạch, Vương Văn Vân đã thành khẩn khai nhận rõ hành vi phạm tội của mình. Vân khai nhận, việc mình giao cấu với cháu T. thì cháu T. không có hành vi phản kháng gì.
Ngày 30/11/2022, Cơ quan CSĐT Công an huyện Lập Thạch ra Quyết định khởi tố vụ án, đến ngày 1/12/2022 ra Quyết định khởi tố bị can đối với Vương Văn Vân về tội “Giao cấu với người từ đủ 13 đến dưới 16 tuổi” và ra Lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú đối với Vân.
Quá trình điều tra, nghi ngờ cháu T bị mắc bệnh tâm thần nên ngày 16/11/2022, Cơ quan CSĐT Công an huyện Lập Thạch ra Quyết định trưng cầu giám định số 439 trưng cầu Trung tâm pháp y Tâm thần khu vực miền núi phía Bắc giám định Tâm thần đối với cháu T.
Tại bản kết luận giám định số của Trung tâm pháp y Tâm thần khu vực miền núi phía Bắc kết luận: "Cháu T. bị bệnh Chậm phát triển tâm thần nhẹ, hạn chế khả năng nhận thức và hạn chế khả năng điều khiển hành vi".
Ngày 10/3/2023, Cơ quan CSĐT Công an huyện Lập Thạch ra Quyết định thay đổi quyết định khởi tố vụ án, Quyết định thay đổi quyết định khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam đối với Vương Văn Vân về tội “Hiếp dâm người dưới 16 tuổi” theo Điều 142 BLHS năm 2015.
VKSND huyện Lập Thạch đã phê chuẩn Quyết định thay đổi quyết định khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam đối với Vương Văn Vân theo công văn đề nghị của Cơ quan điều tra.