Mặc dù đã bí mật hành động, nhưng kế hoạch khủng bố của Aum vẫn nhanh chóng bị lan truyền, các đầu sỏ của Aum phải ra lệnh tiêu hủy bằng chứng.
 
 
Đến đầu tháng 4, các cuộc điều tra bắt đầu có kết quả. Hầu hết các tín đồ và tay chân của Asahara chỉ bị buộc tội tội phạm vị thành niên và có hành vi chống đối. Trong khi đó, mặc dù đang trên đường chạy trốn, nhưng Asahara vẫn phát hành tập sách rêu rao rằng một thảm họa lớn hơn nhiều lần trận động đất kinh hoàng ở Kobe sẽ xảy ra vào ngày 15/4/1995. Điều này buộc giới chức Nhật Bản phải tuyên bố tình trạng khẩn cấp và gia tăng các cuộc truy quét. 
 
Ngày lo sợ đã đến, thành phố chìm trong bầu không khí yên tĩnh đến nghẹt thở, hàng nghìn cảnh sát tuần tra trên đường phố song đã không xảy ra bất cứ sự cố nào. Tuy nhiên, khi thành phố trở lại bình thường 4 ngày sau đó, một cuộc tấn công khí độc lại được thông báo ở ga Yokohama. Cuộc tấn công đã làm 600 người phải điều trị tại bệnh viện vì đau mắt và đau cổ họng. Giáo phái Aum một lần nữa lại dính líu.
 
Cảnh sát chứng minh được Aum đã sản xuất các chất khí độc thần kinh, trong đó có cả sarin, song không hề bắt giữ hoặc cáo buộc bất kỳ thành viên nào của giáo phái này. Do vậy, nhiều kẻ thân cận của Asahara vẫn nhởn nhơ ngoài vòng pháp luật. 
 
Ngày 23/4/1995 đã xảy ra một sự việc gây xôn xao dư luận đó là vụ Murai, tay chân thân cận nhất của trùm giáo phái Aum, bị một kẻ côn đồ đâm thủng bụng.
 
Sau 90 đợt truy quét các căn cứ của Aum, cảnh sát đã phát hiện ở tòa nhà Satian 2 tồn tại một tầng hầm bí mật, nơi trú ẩn của hai kiến trúc sư của Aum là Masami Tsuchiya và Seiichi Endo. Tiếp sau đó, truyền thông Nhật Bản và cả thế giới đã chứng kiến một sự kiện vô cùng lớn đó là vào ngày 16/5/1995, khi cảnh sát ập vào tòa nhà Satian 6 đã bắt được trùm giáo phái Asahara. Khi bị bắt, ông ta mặc chiếc áo choàng tím và theo lời cảnh sát, người ông ta bốc "mùi khó chịu".
 
Các luật sư cho rằng phiên tòa xét xử các thủ lĩnh của Aum có khả năng kéo dài tới 30 năm nữa. Ngày 8/10/1998, Tòa án quận Tokyo đã kết án tử hình thành viên Aum đầu tiên, tên Kazuaki Okazaki, vì tội giết hại 4 người. 
 
Các phiên xét xử Asahara bắt đầu từ tháng 4/1996 và được tiến hành liên tục với tốc độ khoảng ba hay bốn phiên/tháng. Asahara đã làm trì hoãn một số phiên tòa do liên tục lầm bầm và thường xuyên ngủ gật trong khi xét xử.
 
Cho tới cuối tháng 6/2001, hơn 2000 phiên xét xử đã được mở. Ngày 21/10/2001, luật sư bào chữa cho Asahara đã yêu cầu Tòa án quận Tokyo hoãn phiên tòa một năm để có thời gian chuẩn bị kế hoạch bào chữa. Tuy nhiên, lời đề nghị này đã bị phản đối lịch liệt.
 
Ngày 12/9/2002, hãng thông tấn Kyodo cho biết vợ Asahara là Tomoko, 44 tuổi, bị bắt năm 1995, sẽ được trả tự do trong tháng 10/2002. Đến ngày 27/2/2004, Tòa án quận Tokyo đã kết án tử hình trùm giáo phái Asahara với 23 tội danh gồm các âm mưu giết người và giết người, cướp đi sinh mạng của 27 nạn nhân.
 
Bản án khép lại sau gần 8 năm xét xử trùm giáo phái Aum, Shoko Asahara. Cho tới tận bây giờ, người dân Nhật Bản vẫn còn phải chịu nhiều di chứng từ các vụ tấn công của dị giáo này.
 
Hiện tại, Aum tồn tại dưới cái tên mới, Aleph. Mặc dù hoạt động trên nguyên tắc ôn hòa, nhưng cảnh sát Nhật Bản cho rằng giáo phái này vẫn tiếp tục ngầm rao giảng các giáo lý nguy hiểm cho xã hội.
 
Theo Khám phá