Về hệ thống tổ chức của Bộ đội Biên phòng, Nghị định quy định, cơ quan Bộ Tư lệnh Bộ đội Biên phòng gồm: Bộ Tham mưu; Cục Chính trị; Cục Trinh sát; Cục Phòng, chống ma túy và tội phạm; Cục Cửa khẩu; Cục Hậu cần; Cục Kỹ thuật;
Các đơn vị trực thuộc Bộ Tư lệnh Bộ đội Biên phòng gồm: Hải đoàn Biên phòng; Lữ đoàn thông tin Biên phòng; Học viện Biên phòng; Trường Cao đẳng Biên phòng; Trường Trung cấp 24 Biên phòng; Trung tâm huấn luyện - cơ động.
Cơ quan, đơn vị quy định tại Điểm a, Điểm b khoản này có các đơn vị trực thuộc.
Cơ quan Bộ chỉ huy Bộ đội Biên phòng các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương gồm: Phòng Tham mưu; Phòng Chính trị; Phòng Trinh sát; Phòng Phòng, chống ma túy và tội phạm; Phòng Hậu cần; Phòng Kỹ thuật.
Cơ quan quy định tại Điểm a khoản này có các đơn vị trực thuộc.
Đồn Biên phòng gồm: Đội Vũ trang; Đội Vận động quần chúng; Đội Trinh sát; Đội Phòng, chống ma túy và tội phạm; Đội Kiểm soát hành chính; Đội Tham mưu - Hành chính; Đội Tàu thuyền; Trạm Biên phòng.
Ban chỉ huy Biên phòng cửa khẩu cảng gồm: Ban Tham mưu; Ban Chính trị; Ban Trinh sát; Ban Phòng, chống ma túy và tội phạm; Ban Hậu cần - Kỹ thuật; Đội Hành chính; Đội Thủ tục; Đội Tàu thuyền; Trạm Biên phòng.
    |
 |
| Lực lượng Bộ đội Biên phòng Việt Nam. (Ảnh minh hoạ -TTXVN) |
Hải đội Biên phòng gồm: Đội Tham mưu - Hành chính; Đội Tuần tra biên phòng.
Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và mối quan hệ công tác của các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ đội Biên phòng theo quy định của pháp luật, Bộ Quốc phòng.
Việc thành lập, tổ chức lại, chia tách, sáp nhập, thay đổi tên gọi, giải thể Bộ Tư lệnh Bộ đội Biên phòng do Chính phủ quyết định.
Việc thành lập, tổ chức lại, chia tách, sáp nhập, thay đổi tên gọi, giải thể các cơ quan, đơn vị thuộc Khoản 1, Khoản 2 và Khoản 3 Điều 3 của Nghị định này do Bộ trưởng Bộ Quốc phòng quyết định.
Về chính sách ưu đãi và chế độ đặc thù đối với cán bộ, chiến sĩ Bộ đội Biên phòng, Nghị định quy định: Sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp, công nhân và viên chức quốc phòng thuộc Bộ đội Biên phòng thực hiện nhiệm vụ bảo vệ biên giới, hải đảo có thời gian từ 5 năm trở lên nếu có nhu cầu chuyển gia đình đến định cư ổn định cuộc sống lâu dài ở khu vực biên giới, hải đảo được chính quyền địa phương nơi chuyển đến ưu tiên giao đất ở theo quy định của pháp luật về đất đai; hỗ trợ về chỗ ở, nhà ở cho gia đình, việc làm cho vợ hoặc chồng của sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp, công nhân và viên chức quốc phòng thuộc Bộ đội Biên phòng và được hưởng các chế độ, chính sách khác theo quy định.
Cán bộ, chiến sĩ Bộ đội Biên phòng ngoài được hưởng chế độ tiền lương, phụ cấp và các chính sách khác trong Quân đội còn được hưởng phụ cấp trách nhiệm bảo vệ biên giới, hải đảo trong thời gian trực tiếp làm nhiệm vụ quản lý, bảo vệ biên giới, hải đảo.
Sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp, công nhân và viên chức quốc phòng thuộc Bộ đội Biên phòng đang có thời gian công tác liên tục từ đủ 5 năm trở lên ở khu vực biên giới đất liền, đảo, quần đảo, hàng tháng được hưởng phụ cấp công tác lâu năm ở biên giới, hải đảo. Trường hợp chế độ phụ cấp công tác lâu năm ở biên giới, hải đảo được quy định tại nhiều văn bản thì chỉ được hưởng một mức cao nhất của chế độ, chính sách đó.
Sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp Bộ đội Biên phòng khi làm cán bộ tăng cường xã biên giới nơi có điều kiện kinh tế, xã hội đặc biệt khó khăn, hàng tháng được hưởng phụ cấp kiêm nhiệm và chế độ bồi dưỡng sức khỏe hàng năm tăng thêm theo quy định của pháp luật.
Nghị định quy định chi tiết một số điều Luật Biên phòng Việt Nam có hiệu lực từ ngày 21/1/2022.