Cùng bị truy tố với Phương Đình Chiến còn có Nguyễn Văn Quân nguyên Kế toán Trưởng; Phan Thị Ngọc Diệp nguyên thủ quỹ và Nguyễn Thị Thu Vân nguyên Kế toán Chi nhánh Công ty XNK ngành in. Trong đó, Chiến, Quân và Vân bị truy tố về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng", riêng Phan Thị Ngọc Diệp bị truy tố về tội "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng".Theo cáo trạng, Công ty XNK Ngành in là doanh nghiệp Nhà nước trực thuộc Bộ Văn hóa Thông tin (nay là Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch), để hoạt động Công ty XNK Ngành in thành lập Chi nhánh tại TP Hồ Chí Minh, hoạt động hạch toán nội bộ theo hình thức báo sổ, trực thuộc Công ty XNK Ngành in.
Theo Điều lệ tổ chức và hoạt động kinh doanh của Công ty, mọi hoạt động kinh doanh của Chi nhánh đều phải được báo cáo và được sự đồng ý của Giám đốc Công ty trước khi thực hiện. Tuy nhiên, Phương Đình Chiến, Giám đốc Công ty đã ký Giấy ủy quyền cho Nguyễn Khắc Sơn, Trưởng Chi nhánh tiến hành ký kết hợp đồng kinh tế để mua bán giấy in các loại, vay vốn tại Ngân hàng.
Lợi dụng việc này, trong thời gian từ năm 1999 đến tháng 5/2004, Nguyễn Khắc Sơn đã ký và thực hiện nhiều hợp đồng mua bán giấy in các loại với các đơn vị kinh tế nhưng với động cơ chiếm đoạt tiền của Nhà nước, sau khi nhận thanh toán tiền từ các doanh nghiệp, Nguyễn Khắc Sơn đã chỉ đạo Phan Thị Ngọc Diệp, Thủ quỹ của Chi nhánh khi lập Phiếu thu ghi số tiền thu ít hơn số tiền thực nhận thanh toán, số tiền còn lại đưa cho Nguyễn Khắc Sơn sử dụng cá nhân. Tổng số tiền Nguyễn Khắc Sơn đã chiếm đoạt của Công ty XNK Ngành in là hơn 60 tỉ đồng.
    |
 |
| Giám đốc Phương Đình Chiến và 3 "bộ sậu" Công ty XNK Ngành in gây thất thoát hơn 68 tỉ đồng |
Ngoài ra, trong quá trình hoạt động kinh doanh, Nguyễn Khắc Sơn đã lợi dụng tư cách pháp nhân của 3 công TNHH khác để ký hợp đồng mua bán giấy in nhưng thực tế thỏa thuận để đối tượng này đem thế chấp vay vốn tại Ngân hàng TMCP Công thương Chi nhánh tỉnh Bình Dương và Agribank Chi nhánh 10 TP Hồ Chí Minh để có nguồn tiền hoàn trả một phần đã chiếm đoạt sử dụng cá nhân trước đó cho Chi nhánh. Khi đến hạn thanh toán vốn vay đã phải bán cho doanh nghiệp khác hoặc bị Ngân hàng bán phát mãi dẫn đến Công ty XNK Ngành in bị thất thoát số tiền hơn 8 tỉ đồng. Tổng số tiền Công ty XNK Ngành in bị thiệt hại là gần 68,5 tỉ đồng.
Theo đó, ngày 10/11/2004 Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã quyết định khởi tố bị can đối với Nguyễn Khắc Sơn về tội "Tham ô tài sản" và tội "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng". Tuy nhiên, trước đó tháng 5/2004, Nguyễn Khắc Sơn đã trốn sang Mỹ và Cơ quan CSĐT cũng đã áp dụng các biện pháp tố tụng đối với bị can này.
Đối với Phương Đình Chiến, Giám đốc và Nguyễn Văn Quân, Kế toán trưởng Công ty XNK Ngành in đã không thực hiện đúng chức trách nhiệm vụ được giao trong việc kiểm tra, kiểm soát việc thực hiện nguyên tắc kế toán và phương án kinh doanh của Chi nhánh, không tiến hành đối chiếu chứng từ, kiểm tra sổ sách kế toán theo quy định của pháp luật dẫn đến hậu quả Công ty XNK Ngành in bị thiệt hại số tiền gần 68,5 tỉ đồng. Trong đó, Nguyễn Khắc Sơn tham ô, chiếm đoạt sử dụng cá nhân gần 60,5 tỉ đồng đồng, còn hành vi cố ý làm trái quy định về quản lý tiền hàng gây thất thoát tài sản là hơn 8 tỉ đồng.
Đối với bị can Phan Thị Ngọc Diệp, Thủ quỹ Chi nhánh Công ty XNK Ngành in đã không thực hiện đúng các quy định của pháp luật. Cụ thể, Diệp đã lập các phiếu nhập hàng, xuất hàng khống hoặc bản đối chiếu công nợ khống không đúng thực tế, để ngoài hệ thống sổ sách kế toán số tiền thu được sau bán hàng, không lập chứng từ ghi thu, ghi chi theo nguyên tắc kế toán.
Đối với Nguyễn Thị Thu Vân, Kế toán Chi nhánh Công ty XNK Ngành in đã không thực hiện đúng chức trách, nhiệm vụ quy định. Theo sự chỉ đạo của Nguyễn Khắc Sơn, một tuần Vân chỉ đến cơ quan 2 buổi để ký các chứng từ mà không biết thực tế hoạt động kinh doanh của Chi nhánh từ đó báo cáo thuế, báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh của Chi nhánh cho Công ty XNK Ngành in tại Hà Nội dẫn đến Công ty XNK Ngành in không kiểm soát được doanh thu, công nợ phải thu, phải trả nên bị thiệt hại.
Ngoài ra, vào thời điểm đó một số cán bộ nhân viên thuộc Chi nhánh Công ty XNK Ngành in có hành vi ký nhận tiền theo các Hợp đồng kinh tế do Nguyễn Khắc Sơn ký bán giấy in cho các đơn vị, doanh nghiệp, ký vào mục “người nhận tiền” trên một số phiếu chi do Phan Thị Ngọc Diệp lập. Tuy nhiên, các cá nhân này không biết động cơ, mục đích chiếm đoạt tài sản của Sơn; đồng thời tài liệu điều tra chưa chứng minh những người này được ăn chia trong số tiền mà Sơn chiếm đoạt và đến nay Sơn đã bỏ trốn đi Mỹ do đó, Cơ quan CSĐT Bộ Công an chưa đủ căn cứ xem xét trách nhiệm hình sự đối với những đối tượng này.
Quá trình điều tra vụ án, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã kê biên đối với nhiều bất động sản, đồng thời thu giữ hơn 500 triệu đồng của 3 cơ sở và doanh nghiệp tư nhân liên quan đến vụ án.
Riêng đối với Nguyễn Khắc Sơn, tài liệu điều tra xác định trước khi bỏ trốn, Sơn đã tẩu tán toàn bộ tài sản nên không có cơ sở tiến hành kê biên để thu hồi tài sản cho Nhà nước.