Cụ thể, có 6 dự án BT có chủ trương sử dụng quỹ đất thanh toán tại khu vực sân bay Nha Trang. Trong đó, 3 dự án do Công ty Cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn làm nhà đầu tư: Dự án các tuyến đường, các nút giao thông kết nối khu sân bay Nha Trang; dự án Nút giao Ngọc Hội; dự án đường Vành đai kết nối nút giao Ngọc Hội.
3 dự án còn lại là dự án Đường số 4 (đoạn từ đường số 6 đến đường số 23) do Công ty Cổ phần Đầu tư VCN làm nhà đầu tư; dự án Đường Nguyễn Thiện Thuật nối dài (TP Nha Trang) do Công ty Hacom Holdsing làm nhà đầu tư; dự án Hệ thống thu gom, xử lý nước thải Khu du lịch Bắc bán đảo Cam Ranh do Liên danh Công ty Cổ phần đầu tư và Công nghệ môi trường INCOTEC- Công ty Cổ phần xây dựng và thương mai Ngọc Minh UDIC làm nhà đầu tư.
Sau khi kiểm tra trình tự, thủ tục thu hồi đất, giao đất, cho thuê đất tại khu sân bay Nha Trang thanh toán các dự án BT, Thanh tra Chính phủ phát hiện, việc tỉnh Khánh Hòa giao đất, cho thuê đất là vi phạm quy định của luật đất đai, không phù hợp với chủ trương sử dụng quỹ đất tại sân bay Nha Trang để hoàn vốn cho các dự án BT.
Đối với 3 dự án BT do Công ty Phúc Sơn làm nhà đầu tư, Kết luận Thanh tra chỉ rõ, đã không thực hiện đúng các cam kết mà tỉnh đã trình để được Thủ tướng Chính phủ đồng ý về nguyên tắc cho phép áp dụng hình thức lựa chọn nhà đầu tư trong trường hợp đặc biệt.
Các dự án BT không hoàn thành đưa vào khai thác, sử dụng vào cuối năm 2017. Và mặc dù đã được gia hạn đến 6/2021, nhưng đến thời điểm thanh tra chỉ thi công đạt 27% khối lượng xây lắp (tổng giá trị đầu tư chỉ tương đương 558 tỉ đồng xây lắp và 394,407 tỉ đồng chi phí đền bù giải phóng mặt bằng).
Làm tăng mức tổng mức đầu tư các dự án lên 484 tỉ đồng so với tờ trình, kéo dài thời gian thực hiện dự án lên thêm 30 tháng.
Việc lập, thẩm định, phê duyệt về dự án, ký kết hợp đồng các dự án BT còn có một số sai sót về định mức, đơn giá, biện pháp thi công… làm tăng tổng mức đầu tư lên gần 500 tỉ đồng.
Tương tự, 3 dự án BT của các nhà đầu tư còn lại, Thanh tra Chính phủ chỉ rõ, việc phê duyệt, đề xuất dự án, ký hợp đồng 3 dự án BT khi chưa có quỹ đất thanh toán, chưa bàn giao, đưa công trình đi vào sử dụng...
Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ cũng kết luận những sai phạm về việc UBND tỉnh Khánh Hòa tiếp nhận quỹ đất sân bay Nha Trang từ Bộ Quốc phòng và đồng thời bàn giao đất cho Công ty Phúc Sơn (12/2015) khi chưa có quyết định thu hồi đất, giao đất, cho thuê đất là không đúng quy định của Luật Đất đai năm 2013.
Việc tỉnh UBND tỉnh Khánh Hòa phê duyệt quy hoạch chi tiết (1/500) dự án khu trung tâm và điều chỉnh cục bộ dự án khu Trung tâm đô thị Thương mại - dịch vụ - tài chính - du lịch Nha Trang đã vi phạm quy hoạch chung TP Nha Trang theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt và vi phạm quy hoạch phân khu (1/2000) do chính UBND tỉnh Khánh Hòa đã phê duyệt.
Từ những kết luận trên, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Chủ tịch, các Phó Chủ tịch tỉnh Khánh Hòa (giai đoạn 2014-2019) nghiêm túc kiểm điểm và đề xuất hình thức xử lý nghiêm minh; xử lý các tập thể, cá nhân có liên quan đến các sai phạm; chấn chỉnh công tác quản lý đất đai, quản lý đầu tư xây dựng nhất là các dự án BT.
Cũng theo Kết luận của Thanh tra Chính phủ, trong quá trình thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ về kết luận thanh tra, nếu phát hiện dấu hiệu tội phạm thì phải chuyển hồ sơ cho cơ quan Công an tỉnh Khánh Hòa xử lý theo quy định của pháp luật.